99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0039 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 369 aa  746    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  80.17 
 
 		 367 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  74.66 
 
 		 365 aa  565  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  71.23 
 
 		 362 aa  531  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  63.69 
 
 		 374 aa  512  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  64.88 
 
 		 376 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  63.69 
 
 		 374 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  63.41 
 
 		 374 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  64.88 
 
 		 376 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  64.88 
 
 		 376 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  64.88 
 
 		 376 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  63.88 
 
 		 378 aa  508  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  64.03 
 
 		 374 aa  503  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  66.96 
 
 		 346 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  62.43 
 
 		 369 aa  454  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  61.49 
 
 		 368 aa  448  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  38.68 
 
 		 360 aa  235  9e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  36.67 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  36.36 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  37.82 
 
 		 361 aa  209  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  35.48 
 
 		 341 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  37.03 
 
 		 341 aa  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  35.01 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  34.69 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  32.27 
 
 		 403 aa  195  9e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  33.53 
 
 		 341 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  33.53 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  34.22 
 
 		 352 aa  186  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  32.88 
 
 		 391 aa  184  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  32.6 
 
 		 345 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  34.72 
 
 		 364 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  32.08 
 
 		 338 aa  182  9.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  33.33 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  34.02 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  32.6 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.4 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  29.74 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  29.46 
 
 		 383 aa  162  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  32.91 
 
 		 377 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.32 
 
 		 377 aa  158  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  31.3 
 
 		 367 aa  156  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  29.76 
 
 		 349 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  31.28 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  29.71 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  31.43 
 
 		 394 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  32.18 
 
 		 359 aa  146  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  30 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  29.48 
 
 		 345 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  29.28 
 
 		 345 aa  139  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  28.14 
 
 		 343 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  30.96 
 
 		 401 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  29.89 
 
 		 387 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  29.02 
 
 		 426 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  29.54 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  29.84 
 
 		 420 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  29.02 
 
 		 419 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  28.69 
 
 		 408 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  29.46 
 
 		 417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  28.94 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  29.64 
 
 		 384 aa  126  7e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  29.64 
 
 		 384 aa  126  7e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  29.83 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  29.83 
 
 		 395 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  29.97 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  26.27 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  26.27 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  27.49 
 
 		 430 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  29.51 
 
 		 388 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 		 409 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  28.26 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  28.26 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  25.21 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26 
 
 		 333 aa  105  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  27.4 
 
 		 340 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  26.64 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  29.05 
 
 		 338 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25 
 
 		 429 aa  86.3  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  54.69 
 
 		 440 aa  83.6  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  24.59 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  24.59 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  26.02 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  23.86 
 
 		 394 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  51.16 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2725  5'-nucleotidase-like  41.67 
 
 		 663 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  39.39 
 
 		 195 aa  47  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  44.23 
 
 		 1051 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  38.71 
 
 		 185 aa  46.2  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  40.32 
 
 		 935 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 356 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  38.98 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  35.59 
 
 		 166 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  43.14 
 
 		 156 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  41.38 
 
 		 212 aa  44.3  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  32.26 
 
 		 160 aa  43.9  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 554 aa  43.9  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  33.33 
 
 		 205 aa  43.5  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  27.46 
 
 		 272 aa  43.1  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  40 
 
 		 357 aa  42.7  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>