165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0069 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  100 
 
 		 390 aa  791    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  83.46 
 
 		 395 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  84.76 
 
 		 364 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  62.96 
 
 		 388 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  59.1 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  42.33 
 
 		 409 aa  315  8e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  42.93 
 
 		 408 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 		 405 aa  298  8e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  42.04 
 
 		 430 aa  295  8e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  44.01 
 
 		 394 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  41.94 
 
 		 401 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  39.79 
 
 		 417 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  41.09 
 
 		 419 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  41.64 
 
 		 343 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  40.26 
 
 		 426 aa  264  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  39.84 
 
 		 420 aa  264  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  39.43 
 
 		 387 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  42.6 
 
 		 349 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  38.24 
 
 		 350 aa  248  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  35.42 
 
 		 403 aa  208  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  37.69 
 
 		 383 aa  203  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  40 
 
 		 341 aa  193  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  38.04 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  40 
 
 		 341 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  36.34 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  33.91 
 
 		 352 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.73 
 
 		 389 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  38.15 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  36.07 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  37.54 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  32.25 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  32.25 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  36.5 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  37.23 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  37.23 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  33.93 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  28.98 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  32.44 
 
 		 377 aa  150  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.29 
 
 		 393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  28.93 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  29.97 
 
 		 361 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.55 
 
 		 368 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.3 
 
 		 391 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  27.91 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.15 
 
 		 374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.95 
 
 		 374 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  32.01 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  28.49 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  27.95 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 		 376 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  27.4 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  27.89 
 
 		 364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  28.61 
 
 		 378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  30.2 
 
 		 346 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  29.97 
 
 		 362 aa  126  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  29.23 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  29.23 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  30 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  29.97 
 
 		 369 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  28.61 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  27.35 
 
 		 367 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  27.59 
 
 		 366 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  31.44 
 
 		 384 aa  116  6e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  31.04 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  29.27 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  26.19 
 
 		 331 aa  113  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  28.73 
 
 		 440 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  27.53 
 
 		 440 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  28.46 
 
 		 440 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.65 
 
 		 435 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  29.11 
 
 		 429 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  26.91 
 
 		 340 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  29.6 
 
 		 335 aa  106  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  27.46 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  27.16 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  27.67 
 
 		 359 aa  102  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  27.38 
 
 		 394 aa  95.5  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  29.6 
 
 		 338 aa  94  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  30.8 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  42.47 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  40.51 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  40.51 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  53.19 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  51.06 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  37.35 
 
 		 451 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  40.91 
 
 		 566 aa  54.7  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  44.83 
 
 		 219 aa  54.3  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 572 aa  54.7  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 		 552 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 651 aa  53.1  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  35.62 
 
 		 511 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  44.19 
 
 		 377 aa  52.4  0.00001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 234 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  42.59 
 
 		 161 aa  51.6  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  35.62 
 
 		 511 aa  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>