165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3011 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3011  LamG domain-containing protein  100 
 
 
4761 aa  9434    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3065  PA14 domain-containing protein  32.11 
 
 
14944 aa  150  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2451  Fibronectin type III domain protein  30.3 
 
 
1219 aa  112  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0779  S-layer domain-containing protein  38.36 
 
 
693 aa  106  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.725533  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1298  hypothetical protein  32.7 
 
 
651 aa  100  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.910785 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3066  hypothetical protein  28.65 
 
 
3925 aa  99.8  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.455665 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2345  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  36.63 
 
 
1590 aa  99  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1914  hypothetical protein  36.07 
 
 
595 aa  97.4  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2914  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  33.33 
 
 
1035 aa  93.6  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2155  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  31.51 
 
 
1686 aa  92.4  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1799  Fibronectin type III domain protein  29.94 
 
 
1096 aa  92  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3263  VcfQ-like protein  33.95 
 
 
1072 aa  89  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2679  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  28.98 
 
 
1627 aa  88.6  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000064285 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2915  cell wall/surface repeat protein  31.9 
 
 
1310 aa  85.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2327  fibronectin, type III domain-containing protein  30.87 
 
 
482 aa  82  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00610541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2328  fibronectin, type III domain-containing protein  31.8 
 
 
675 aa  81.3  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000140812  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1945  fibronectin type III domain-containing protein  33.62 
 
 
1047 aa  80.9  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.771273  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2483  hypothetical protein  33.92 
 
 
656 aa  79.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1976  hypothetical protein  33.16 
 
 
1367 aa  80.1  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.000800417  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1748  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  32.39 
 
 
1298 aa  79.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.723915  normal  0.324613 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0574  fibronectin, type III domain-containing protein  31.19 
 
 
4433 aa  76.3  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  32.18 
 
 
6678 aa  75.5  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2190  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  30.8 
 
 
2002 aa  75.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.753636 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6366  putative transmembrane protein  32.64 
 
 
739 aa  75.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6069  LamG domain-containing protein  30.69 
 
 
739 aa  73.9  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2445  fibronectin, type III domain-containing protein  29.11 
 
 
499 aa  73.9  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.628775  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1300  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  28.74 
 
 
2002 aa  73.9  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.64211  normal  0.760951 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2469  fibronectin, type III  34.6 
 
 
3507 aa  73.6  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0638  chitodextrinase  33.05 
 
 
1051 aa  71.6  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2254  hypothetical protein  35.78 
 
 
663 aa  71.6  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.017887  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2852  beta-glycosidase-like protein  29.31 
 
 
1152 aa  71.2  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.359276  normal  0.0739949 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2750  YD repeat protein  28.97 
 
 
2447 aa  70.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2743  cytoplasmic membrane protein  33.01 
 
 
352 aa  69.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000491523  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1097  large extracellular alpha-helical protein-like protein  30.74 
 
 
1748 aa  68.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000683737 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2966  PKD domain containing protein  29.05 
 
 
531 aa  68.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.506413 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0083  LamG domain-containing protein  27.96 
 
 
430 aa  68.9  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1999  LamG domain-containing protein  32.98 
 
 
3907 aa  69.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1756  Fibronectin type III domain protein  39.82 
 
 
2135 aa  68.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.527885 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5363  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  31.41 
 
 
265 aa  67.8  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0573653  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4634  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  30.25 
 
 
1424 aa  67.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.893507  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2777  Kelch repeat-containing protein  34.68 
 
 
1762 aa  67  0.000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.07 
 
 
11716 aa  67  0.000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  31.21 
 
 
848 aa  66.6  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2169  LamG domain-containing protein  29.41 
 
 
4357 aa  66.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2327  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  26.72 
 
 
12684 aa  65.5  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.614505 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0396  VcfQ-like protein  29.46 
 
 
1306 aa  65.1  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2755  hypothetical protein  31.47 
 
 
564 aa  65.1  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1017  Ig-like, group 2  28.64 
 
 
486 aa  65.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  23.02 
 
 
1121 aa  64.7  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0682  Fibronectin type III domain protein  28.87 
 
 
1735 aa  64.7  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2506  S-layer-like domain-containing protein  27.31 
 
 
1013 aa  64.3  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  23.41 
 
 
1121 aa  63.9  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  23.16 
 
 
1121 aa  63.9  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1461  hypothetical protein  29.19 
 
 
786 aa  63.5  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.132626 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3562  filamentous hemeagglutinin outer membrane protein  36.24 
 
 
577 aa  63.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4814  putative transmembrane protein  29.65 
 
 
757 aa  63.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36150  putative collagen-binding protein  27.49 
 
 
727 aa  62.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1735  hypothetical protein  36.36 
 
 
1627 aa  62.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.970827  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000210  chitodextrinase precursor  31.66 
 
 
1054 aa  62.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0800752  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0997  PKD domain containing protein  28.64 
 
 
1150 aa  61.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.014339 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0852  hypothetical protein  25.71 
 
 
633 aa  61.6  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1189  regulator of chromosome condensation, RCC1  29.62 
 
 
1679 aa  61.6  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0787  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.29 
 
 
612 aa  61.2  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0749  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  33.33 
 
 
587 aa  61.2  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0987  Tfp pilus assembly protein tip-associated adhesin PilY1-like protein  33.79 
 
 
1669 aa  61.2  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3909  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  29.7 
 
 
1600 aa  60.8  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3704  PA14 domain protein  28.79 
 
 
2334 aa  59.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.205023 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0890  PKD domain containing protein  33.12 
 
 
2066 aa  60.1  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0241772  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0901  PDZ/DHR/GLGF domain protein  25.94 
 
 
633 aa  60.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.757724  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2229  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  30.82 
 
 
273 aa  60.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0720047  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2719  glycoside hydrolase family protein  27.78 
 
 
1129 aa  59.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0716218  hitchhiker  0.00441293 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0941  hypothetical protein  24.6 
 
 
747 aa  60.1  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.654154  hitchhiker  0.0000135929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3311  PDZ/DHR/GLGF domain protein  28.39 
 
 
742 aa  59.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.185586  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3022  hypothetical protein  29.29 
 
 
3586 aa  59.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0638  hypothetical protein  26.27 
 
 
250 aa  59.3  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613219  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0529  hypothetical protein  35.53 
 
 
4697 aa  58.5  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  21.57 
 
 
1112 aa  58.2  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1932  outer membrane protein  25.81 
 
 
424 aa  57.8  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.259358 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02880  PDK repeat-containing protein  34.78 
 
 
1916 aa  57.4  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2157  fibronectin, type III domain-containing protein  31.38 
 
 
1141 aa  57  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.445714  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1620  patatin  24.05 
 
 
686 aa  56.6  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128083  normal  0.0419711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1146  hypothetical protein  27.42 
 
 
1504 aa  56.6  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1112  LamG domain-containing protein  28.95 
 
 
471 aa  56.6  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2609  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.22 
 
 
598 aa  56.2  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3982  glycosyl hydrolase family chitinase  30.92 
 
 
1146 aa  56.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1547  S-layer domain protein  31.16 
 
 
3320 aa  56.2  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1933  hypothetical protein  34.53 
 
 
1785 aa  56.2  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4088  Glycosyl hydrolase family 32 domain protein  28.65 
 
 
754 aa  55.5  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3939  alpha-2-macroglobulin domain-containing protein  28.19 
 
 
1757 aa  55.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0788  thermostable serine protease  29 
 
 
606 aa  55.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282797  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4996  protein of unknown function DUF1680  31.31 
 
 
846 aa  55.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0569195 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1017  hypothetical protein  22.86 
 
 
252 aa  55.5  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1825  Fibronectin type III domain protein  29.01 
 
 
1009 aa  55.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0101556 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2974  metallophosphoesterase  25.73 
 
 
643 aa  55.1  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.668826  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5589  LamG domain protein jellyroll fold domain protein  29.31 
 
 
1292 aa  55.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0120  S-layer domain protein  35.43 
 
 
767 aa  55.1  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4731  hypothetical protein  28.77 
 
 
2223 aa  54.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1915  hypothetical protein  28.37 
 
 
482 aa  54.3  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0368  Ricin B lectin  27.36 
 
 
1577 aa  54.3  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.18771  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1860  glycoside hydrolase family 18  27 
 
 
1127 aa  54.3  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686097  hitchhiker  0.0000000988456 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>