More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001391 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  100 
 
 		 327 aa  682    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.02 
 
 		 347 aa  318  7e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0453  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.06 
 
 		 345 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3576  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.06 
 
 		 345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  41.92 
 
 		 476 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.48 
 
 		 550 aa  132  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 698 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 581 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.28 
 
 		 1000 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 581 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 581 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 581 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  40 
 
 		 595 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 379 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 		 572 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  35.75 
 
 		 482 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 577 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 388 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 1004 aa  126  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 		 625 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 653 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 261 aa  125  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 624 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.49 
 
 		 704 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 		 797 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 454 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 454 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 625 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  42.68 
 
 		 649 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 466 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  35.51 
 
 		 690 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 625 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 625 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.18 
 
 		 713 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 612 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 602 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 753 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 411 aa  123  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 576 aa  123  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  36.97 
 
 		 677 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.24 
 
 		 634 aa  122  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 620 aa  122  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 571 aa  122  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 487 aa  122  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 432 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 459 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 331 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 350 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 732 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 572 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.45 
 
 		 686 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.93 
 
 		 818 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 645 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.47 
 
 		 772 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 613 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.11 
 
 		 625 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  39.24 
 
 		 516 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  26.93 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 623 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 736 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 540 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.95 
 
 		 949 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 		 645 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 426 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 493 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 432 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  36.42 
 
 		 596 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  39.24 
 
 		 516 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.92 
 
 		 896 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 730 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.75 
 
 		 451 aa  119  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 696 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 628 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  30 
 
 		 680 aa  119  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  31.98 
 
 		 668 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.36 
 
 		 493 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 452 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 435 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 575 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 642 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 575 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.38 
 
 		 558 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 575 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 539 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 414 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  37.5 
 
 		 735 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>