More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2989 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  58.15 
 
 		 636 aa  728    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  100 
 
 		 628 aa  1286    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  51.32 
 
 		 650 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  47.24 
 
 		 626 aa  551  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  45.44 
 
 		 627 aa  504  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 646 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 646 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  43.05 
 
 		 640 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  41.92 
 
 		 631 aa  491  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  42.99 
 
 		 672 aa  487  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 672 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 627 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  42 
 
 		 646 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 		 604 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 627 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  40.25 
 
 		 626 aa  404  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  45.82 
 
 		 369 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 311 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  27.61 
 
 		 609 aa  152  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 659 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  28.6 
 
 		 628 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 485 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 1774 aa  135  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  42.13 
 
 		 334 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  27.54 
 
 		 630 aa  133  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 464 aa  133  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 357 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 661 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 484 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 775 aa  132  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 474 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 381 aa  131  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  40.84 
 
 		 431 aa  130  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 532 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 490 aa  130  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 301 aa  130  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 247 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.43 
 
 		 477 aa  130  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 485 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  26.89 
 
 		 684 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  44.24 
 
 		 422 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 360 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  35.41 
 
 		 551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 555 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 322 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 508 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 422 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 753 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 469 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 237 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 635 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 715 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 622 aa  128  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 373 aa  128  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  43.12 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 458 aa  128  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 388 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 485 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 730 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 532 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.03 
 
 		 1015 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 555 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 		 565 aa  128  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 464 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 342 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  27.67 
 
 		 600 aa  127  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 339 aa  127  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.58 
 
 		 550 aa  127  7e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 323 aa  126  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.12 
 
 		 634 aa  126  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 632 aa  126  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  37.73 
 
 		 599 aa  126  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  46.5 
 
 		 448 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 396 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  35.64 
 
 		 430 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  37.08 
 
 		 427 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 460 aa  125  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.84 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 342 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  26.33 
 
 		 653 aa  125  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 351 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 532 aa  125  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 634 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  25.71 
 
 		 625 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 486 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.62 
 
 		 346 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  44.38 
 
 		 318 aa  124  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 292 aa  124  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>