More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6557 on replicon NC_012854
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  91.89 
 
 		 1098 aa  2020    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  92.53 
 
 		 1098 aa  2034    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  55.96 
 
 		 1105 aa  1163    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1095 aa  2220    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  93.38 
 
 		 1102 aa  2034    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  36.32 
 
 		 1107 aa  591  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  36.3 
 
 		 1102 aa  582  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  36.4 
 
 		 1102 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  38.99 
 
 		 1100 aa  574  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  38.35 
 
 		 1107 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  38.68 
 
 		 1123 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  38.29 
 
 		 1100 aa  568  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  41.35 
 
 		 952 aa  550  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  39.89 
 
 		 952 aa  549  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.07 
 
 		 1356 aa  525  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  43.48 
 
 		 1025 aa  521  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.76 
 
 		 1245 aa  515  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  38.59 
 
 		 985 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  39.95 
 
 		 982 aa  505  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.66 
 
 		 998 aa  499  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  40.9 
 
 		 1039 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  41.06 
 
 		 974 aa  497  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.38 
 
 		 1034 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  40.5 
 
 		 976 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  40.5 
 
 		 976 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  40.53 
 
 		 998 aa  485  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  38.04 
 
 		 1000 aa  481  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  38.04 
 
 		 1000 aa  481  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.85 
 
 		 1536 aa  482  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  40.81 
 
 		 968 aa  475  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  39.59 
 
 		 814 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  39.55 
 
 		 1034 aa  473  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  39.27 
 
 		 1006 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  38.66 
 
 		 1557 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.61 
 
 		 1538 aa  439  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.73 
 
 		 1534 aa  428  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.58 
 
 		 881 aa  376  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.64 
 
 		 879 aa  372  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.47 
 
 		 1168 aa  289  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  35.73 
 
 		 907 aa  279  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  35.03 
 
 		 1093 aa  238  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.34 
 
 		 918 aa  196  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  48.15 
 
 		 467 aa  183  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.6 
 
 		 267 aa  172  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  35 
 
 		 447 aa  159  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  33.17 
 
 		 407 aa  157  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  36.36 
 
 		 726 aa  157  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  40.87 
 
 		 766 aa  155  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  41.84 
 
 		 498 aa  155  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  39.83 
 
 		 719 aa  153  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  38.56 
 
 		 730 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  34.41 
 
 		 544 aa  144  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  27.05 
 
 		 964 aa  134  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  30.11 
 
 		 981 aa  132  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  25.98 
 
 		 1549 aa  132  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  29.12 
 
 		 1481 aa  129  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.79 
 
 		 1184 aa  127  8.000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  34.95 
 
 		 465 aa  127  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  35.27 
 
 		 506 aa  126  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  34.78 
 
 		 501 aa  124  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  38.46 
 
 		 361 aa  123  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0989  MobA/MobL protein  40.83 
 
 		 430 aa  122  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.82 
 
 		 1174 aa  122  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  38.1 
 
 		 498 aa  120  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  33.25 
 
 		 1176 aa  120  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  30.86 
 
 		 673 aa  119  3e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  29.41 
 
 		 1836 aa  114  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  25.53 
 
 		 710 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  28.96 
 
 		 926 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  29.79 
 
 		 1175 aa  110  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.14 
 
 		 1231 aa  109  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  28.51 
 
 		 1952 aa  108  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  29.27 
 
 		 1955 aa  106  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.08 
 
 		 1523 aa  107  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.08 
 
 		 1523 aa  107  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  27.86 
 
 		 637 aa  103  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.03 
 
 		 1170 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  24.47 
 
 		 731 aa  101  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  28.85 
 
 		 1976 aa  101  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  28.65 
 
 		 957 aa  100  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  29.57 
 
 		 961 aa  100  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  27.79 
 
 		 1797 aa  100  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  26.14 
 
 		 1486 aa  99.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  30.1 
 
 		 733 aa  97.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  30.1 
 
 		 733 aa  97.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  29.88 
 
 		 379 aa  97.8  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.88 
 
 		 1980 aa  97.4  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  25.06 
 
 		 728 aa  96.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.33 
 
 		 721 aa  95.9  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  29.34 
 
 		 730 aa  95.5  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  30.29 
 
 		 872 aa  95.5  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  28.36 
 
 		 1683 aa  95.1  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.3 
 
 		 727 aa  94  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  25.48 
 
 		 1623 aa  94  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  25.2 
 
 		 728 aa  92.8  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  32.26 
 
 		 511 aa  92.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  25.74 
 
 		 1189 aa  92.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.32 
 
 		 744 aa  92.4  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  28.88 
 
 		 929 aa  91.7  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  29.53 
 
 		 720 aa  91.7  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>