69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0989 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0989  MobA/MobL protein  100 
 
 		 430 aa  895    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.07 
 
 		 1098 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.07 
 
 		 1095 aa  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.67 
 
 		 1102 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.42 
 
 		 1105 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  37.21 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.92 
 
 		 1098 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  34.71 
 
 		 730 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  32.8 
 
 		 498 aa  95.5  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  32.61 
 
 		 766 aa  94  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  27.54 
 
 		 361 aa  86.3  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  27 
 
 		 544 aa  85.1  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  34.39 
 
 		 726 aa  83.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  28.16 
 
 		 498 aa  80.1  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  29.07 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  32.48 
 
 		 1168 aa  69.7  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  29.23 
 
 		 719 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2834  hypothetical protein  35.87 
 
 		 441 aa  63.2  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.705285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.26 
 
 		 974 aa  63.2  0.000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  25.11 
 
 		 1025 aa  61.6  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  30.71 
 
 		 501 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  26.63 
 
 		 982 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  30 
 
 		 506 aa  57  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5018  hypothetical protein  38.03 
 
 		 428 aa  56.6  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  25.95 
 
 		 1000 aa  55.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  27.71 
 
 		 673 aa  55.8  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  25.95 
 
 		 1000 aa  55.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  31.82 
 
 		 511 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4553  relaxase/mobilization nuclease family protein  30.29 
 
 		 994 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  29.12 
 
 		 996 aa  55.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  30.77 
 
 		 516 aa  55.5  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  27.11 
 
 		 985 aa  55.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0460  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  35.62 
 
 		 524 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.919355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  27.03 
 
 		 814 aa  55.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  27.51 
 
 		 952 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4841  hypothetical protein  32.89 
 
 		 340 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3325  hypothetical protein  32.89 
 
 		 340 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.57 
 
 		 1245 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  27.03 
 
 		 998 aa  53.5  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  25.45 
 
 		 1006 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4999  hypothetical protein  35.21 
 
 		 321 aa  53.1  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0174  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  31.58 
 
 		 529 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.85378  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  26.92 
 
 		 1039 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  27.68 
 
 		 1557 aa  52.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  28.24 
 
 		 952 aa  52.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  26.34 
 
 		 998 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4190  hypothetical protein  31.58 
 
 		 336 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  34.12 
 
 		 879 aa  51.6  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.35 
 
 		 1107 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  34.12 
 
 		 881 aa  51.6  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  25.54 
 
 		 968 aa  50.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  28.12 
 
 		 465 aa  50.4  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6493  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  34.85 
 
 		 507 aa  50.4  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.255427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  26.14 
 
 		 1538 aa  50.4  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  25.45 
 
 		 1034 aa  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  25.54 
 
 		 447 aa  49.7  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  24.46 
 
 		 976 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  24.46 
 
 		 976 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1766  putative DNA primase, DNA transfer TraO- like protein  34.85 
 
 		 506 aa  48.9  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0683835  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p03  hypothetical protein  27.04 
 
 		 370 aa  48.9  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7521  hypothetical protein  32.31 
 
 		 522 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.952259  normal  0.397074 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2645  putative DNA primase, DNA transfer TraO- like protein  33.33 
 
 		 495 aa  47.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  25.71 
 
 		 1034 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.33 
 
 		 1102 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.54 
 
 		 1107 aa  46.6  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  27.33 
 
 		 1102 aa  45.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4367  hypothetical protein  29.58 
 
 		 456 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.84 
 
 		 1536 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6336  hypothetical protein  32.43 
 
 		 559 aa  44.3  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>