More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4206 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  100 
 
 		 361 aa  738    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  30.36 
 
 		 366 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  36.19 
 
 		 355 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1684  GGDEF  34.85 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.419665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 381 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  41.82 
 
 		 604 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  30.67 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 395 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 623 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  32.86 
 
 		 385 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 611 aa  100  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 381 aa  100  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 363 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 339 aa  99.4  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 405 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 381 aa  99.4  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 365 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 395 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.04 
 
 		 544 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.04 
 
 		 544 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 396 aa  98.6  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 650 aa  97.4  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 405 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  38.34 
 
 		 400 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 620 aa  97.1  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.51 
 
 		 543 aa  97.4  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 354 aa  96.7  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 373 aa  96.7  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  39.22 
 
 		 303 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 382 aa  96.7  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 261 aa  96.3  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  39.69 
 
 		 641 aa  96.3  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 382 aa  96.3  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 387 aa  96.3  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 342 aa  96.3  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 454 aa  96.3  8e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 450 aa  95.9  9e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 332 aa  95.9  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 450 aa  95.9  9e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 625 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 263 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.79 
 
 		 631 aa  95.5  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 407 aa  95.5  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  34.52 
 
 		 431 aa  95.5  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 482 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 384 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 391 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 587 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 359 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 385 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 385 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 401 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 385 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 424 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 775 aa  94.4  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 298 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 354 aa  93.6  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 373 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 298 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 411 aa  93.6  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 403 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.68 
 
 		 441 aa  94  4e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 428 aa  94  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0596  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 474 aa  94  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000817529  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 568 aa  93.6  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 		 572 aa  93.6  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 555 aa  93.6  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.6 
 
 		 826 aa  93.2  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.56 
 
 		 496 aa  93.2  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 594 aa  93.2  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 335 aa  92.8  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 401 aa  92.8  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  37.22 
 
 		 195 aa  92.8  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 		 315 aa  92.8  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 513 aa  92  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 349 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 340 aa  92.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  31.3 
 
 		 603 aa  92.4  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 480 aa  92  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.34 
 
 		 602 aa  92  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 184 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 444 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 357 aa  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 661 aa  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 497 aa  91.3  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 714 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 627 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 331 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>