203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2288 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  100 
 
 		 597 aa  1197    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  52.09 
 
 		 602 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  44.83 
 
 		 600 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  40.17 
 
 		 616 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  26.06 
 
 		 645 aa  110  7.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  25.16 
 
 		 648 aa  103  7e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  25.33 
 
 		 619 aa  103  9e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  28.28 
 
 		 665 aa  97.4  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 553 aa  93.6  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  25.79 
 
 		 637 aa  88.6  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 305 aa  82.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  24.22 
 
 		 627 aa  81.3  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  23.24 
 
 		 705 aa  81.3  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  25.86 
 
 		 644 aa  80.1  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 403 aa  80.1  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 659 aa  79.7  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  24.64 
 
 		 647 aa  79  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  21.23 
 
 		 562 aa  77  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.53 
 
 		 518 aa  76.3  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.3 
 
 		 558 aa  75.9  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.63 
 
 		 525 aa  75.5  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  21.75 
 
 		 553 aa  67.4  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  20.65 
 
 		 555 aa  67.8  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.65 
 
 		 407 aa  66.6  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 563 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  36.52 
 
 		 639 aa  65.9  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  26.07 
 
 		 525 aa  66.2  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  24.52 
 
 		 514 aa  66.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  38.53 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 494 aa  64.3  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  18.64 
 
 		 739 aa  63.9  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  27.03 
 
 		 614 aa  63.9  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  24.01 
 
 		 554 aa  63.9  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  45.95 
 
 		 562 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  22.27 
 
 		 616 aa  62  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  31.71 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  24.46 
 
 		 618 aa  58.9  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 645 aa  58.9  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  36 
 
 		 511 aa  58.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  28.68 
 
 		 650 aa  58.2  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  34.02 
 
 		 557 aa  57.8  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 552 aa  57.8  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  38.3 
 
 		 547 aa  57.4  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0685  CdaR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 546 aa  57  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.217307  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 477 aa  57  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3668  transcriptional regulator, CdaR  23.78 
 
 		 534 aa  55.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4487  transcriptional regulator, CdaR  39.74 
 
 		 458 aa  56.2  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.93269 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  32.08 
 
 		 520 aa  55.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  33.33 
 
 		 389 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  44.12 
 
 		 486 aa  55.5  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  26.32 
 
 		 311 aa  55.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.2 
 
 		 385 aa  55.5  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 405 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  24.46 
 
 		 410 aa  55.1  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 524 aa  55.1  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  24.46 
 
 		 410 aa  55.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  24.46 
 
 		 410 aa  55.1  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  24.46 
 
 		 410 aa  55.1  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  32.92 
 
 		 393 aa  55.1  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  23.96 
 
 		 741 aa  55.1  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  24.46 
 
 		 410 aa  54.7  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  42.42 
 
 		 481 aa  54.7  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  24.46 
 
 		 410 aa  54.7  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  37.35 
 
 		 547 aa  54.7  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 405 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 564 aa  54.3  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  36.25 
 
 		 543 aa  54.3  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  30.69 
 
 		 410 aa  54.3  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  20 
 
 		 520 aa  54.3  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 410 aa  53.9  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1489  transcriptional regulator, PucR family  30.38 
 
 		 504 aa  53.9  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0802599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 405 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.2 
 
 		 385 aa  53.9  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.2 
 
 		 385 aa  53.9  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.2 
 
 		 385 aa  53.9  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  28.16 
 
 		 416 aa  53.5  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  33.02 
 
 		 514 aa  53.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  31.03 
 
 		 631 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11458  hypothetical protein  34.31 
 
 		 422 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0377349 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  35.05 
 
 		 519 aa  52.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  30 
 
 		 399 aa  52.8  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 514 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  29.63 
 
 		 404 aa  52.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  23.7 
 
 		 518 aa  52.4  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.2 
 
 		 385 aa  53.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.2 
 
 		 385 aa  53.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  28.48 
 
 		 381 aa  52.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 		 372 aa  52  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  43.64 
 
 		 392 aa  51.6  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  34.62 
 
 		 486 aa  52  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  43.08 
 
 		 394 aa  51.6  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1496  putative transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 502 aa  51.6  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  39.13 
 
 		 425 aa  51.2  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  45 
 
 		 510 aa  51.2  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  35.44 
 
 		 501 aa  51.2  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  32.69 
 
 		 447 aa  51.2  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  35.19 
 
 		 434 aa  50.8  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  21.17 
 
 		 537 aa  50.8  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  24.19 
 
 		 512 aa  50.4  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>