139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0608 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 416 aa  827    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  48.41 
 
 		 408 aa  389  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2857  putative transcriptional regulator, PucR family  29.7 
 
 		 421 aa  96.3  9e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4621  hypothetical protein  27.5 
 
 		 430 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2881  putative transcriptional regulator, PucR family  28.76 
 
 		 406 aa  88.2  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12395  hypothetical protein  26.72 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.537746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2815  hypothetical protein  31.91 
 
 		 417 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129951  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3869  putative transcriptional regulator, PucR family  29.94 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.155401  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4444  putative transcriptional regulator, PucR family  28.86 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6844  putative regulator of polyketide synthase expression  30.65 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.222986  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11458  hypothetical protein  27.21 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0377349 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11481  transcriptional activator protein  25.84 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.48079e-25  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11218  hypothetical protein  24.19 
 
 		 421 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26290  regulator of polyketide synthase expression  25.6 
 
 		 441 aa  67  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  29.17 
 
 		 740 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4213  hypothetical protein  27.81 
 
 		 405 aa  63.5  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  39.83 
 
 		 665 aa  62  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  44 
 
 		 619 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7076  PucR family transcriptional regulator  25 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1477  transcriptional regulator, CdaR  24.23 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0631045  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  30.99 
 
 		 739 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 537 aa  57.8  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2359  putative transcriptional regulator, PucR family  25.14 
 
 		 438 aa  58.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0658423  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  34.44 
 
 		 402 aa  57  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  33.93 
 
 		 616 aa  56.6  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23030  hypothetical protein  26.35 
 
 		 418 aa  56.2  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 305 aa  55.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3161  putative transcriptional regulator, PucR family  25.27 
 
 		 414 aa  54.7  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0100012  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  36.84 
 
 		 637 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  35.07 
 
 		 488 aa  53.5  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  35.07 
 
 		 488 aa  53.9  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  35.07 
 
 		 483 aa  53.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  43.08 
 
 		 627 aa  53.1  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  35.58 
 
 		 645 aa  52.8  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 555 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2411  putative transcriptional regulator, PucR family  25.45 
 
 		 417 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000974619  hitchhiker  0.000254155 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  22.7 
 
 		 362 aa  51.6  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  34.43 
 
 		 362 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  34.42 
 
 		 168 aa  52.4  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  28.35 
 
 		 614 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  44.44 
 
 		 648 aa  51.2  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 526 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3698  CdaR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 549 aa  50.8  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  30.97 
 
 		 350 aa  50.4  0.00006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  35.71 
 
 		 429 aa  50.4  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  24.29 
 
 		 364 aa  50.4  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 494 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  34.38 
 
 		 447 aa  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  25.36 
 
 		 404 aa  50.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 563 aa  49.7  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  25.7 
 
 		 392 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0566  transcriptional regulator, PucR family  38.46 
 
 		 532 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  21.49 
 
 		 399 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 403 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  26.3 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  33.82 
 
 		 525 aa  48.5  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  28.57 
 
 		 618 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  26.91 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  24 
 
 		 407 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.62 
 
 		 385 aa  48.5  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.38 
 
 		 385 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  30.3 
 
 		 389 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  32.61 
 
 		 639 aa  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 405 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3231  PucR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 586 aa  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 477 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 405 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.38 
 
 		 385 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  35.8 
 
 		 553 aa  47.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3007  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.62 
 
 		 596 aa  47.8  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  30.77 
 
 		 538 aa  47.4  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 597 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  32.32 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  25.42 
 
 		 518 aa  47.4  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  31.71 
 
 		 434 aa  47.4  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  30.34 
 
 		 416 aa  47.4  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 552 aa  47  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.09 
 
 		 741 aa  47  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  29.55 
 
 		 410 aa  47  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  31.34 
 
 		 513 aa  47  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3382  transcriptional regulator, PucR family  44.07 
 
 		 547 aa  46.6  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.180418  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 514 aa  46.6  0.0009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 408 aa  46.6  0.0009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  41.54 
 
 		 554 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  41.54 
 
 		 554 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0861  transcriptional regulator, CdaR  40.48 
 
 		 500 aa  46.6  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.975541  normal  0.0962087 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  41.54 
 
 		 554 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  41.18 
 
 		 381 aa  45.8  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  32.28 
 
 		 408 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.43 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  35.9 
 
 		 647 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>