More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0716 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  570  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  41 
 
 		 210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 201 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 215 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 204 aa  99.4  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  36.73 
 
 		 206 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  40.12 
 
 		 208 aa  89.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 200 aa  89.4  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08850  transcriptional regulator  41.91 
 
 		 211 aa  87.8  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 199 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2987  hypothetical protein  39.75 
 
 		 219 aa  86.7  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  36.6 
 
 		 209 aa  86.3  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5935  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.109466 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  39.2 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4505  putative transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 202 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1928  transcriptional regulator, TetR family  51.65 
 
 		 235 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0772  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  53.25 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4097  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 237 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  55.26 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 208 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 202 aa  76.6  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1251  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 223 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000596176 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3143  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2988  regulatory protein, TetR  34.09 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.399481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  62.07 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  34.3 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  36.47 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 217 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 192 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 192 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 192 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  60.34 
 
 		 192 aa  72  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  31.51 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0989  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  50.75 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2370  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00377718  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 246 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5062  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  27.54 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 223 aa  67  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  35.93 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  44.05 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3397  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0550529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3877  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.208498 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1180  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 221 aa  65.9  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0198814  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1157  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  44.19 
 
 		 215 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0390  transcriptional regulator, TetR family  38.26 
 
 		 216 aa  65.1  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3333  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 202 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  46.58 
 
 		 202 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2304  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 195 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000274121  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 204 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 195 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2112  transcriptional regulator, TetR family  66.67 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.935315  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2865  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3202  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  41.86 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  41.11 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  48.1 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23870  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 213 aa  62  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  42.27 
 
 		 212 aa  62  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0389  transcriptional regulator, TetR family  52.63 
 
 		 222 aa  62  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.245239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4939  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  37.13 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2561  transcriptional regulator, TetR family  55.88 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.212486  normal  0.0969091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10705  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 198 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>