More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2350 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
230 aa  456  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3781  regulatory protein TetR  48.45 
 
 
209 aa  182  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0489772  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3202  TetR family transcriptional regulator  47.21 
 
 
209 aa  180  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2366  transcriptional regulator, TetR family  52.11 
 
 
211 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000270806  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0998  TetR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
199 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1016  TetR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
199 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355321  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1026  TetR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
199 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
204 aa  160  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10705  transcriptional regulator  43.16 
 
 
198 aa  159  4e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0772  transcriptional regulator, TetR family  47.98 
 
 
212 aa  159  5e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5062  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
208 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  46.11 
 
 
226 aa  151  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4939  transcriptional regulator, TetR family  45.05 
 
 
203 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4318  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 
214 aa  92.8  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14590  transcriptional regulator, tetR family  31.88 
 
 
200 aa  82.4  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 
214 aa  82  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 
236 aa  78.6  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
251 aa  78.2  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
200 aa  78.2  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2375  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
191 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2422  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
191 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.04833  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2416  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
191 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112157  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12230  transcriptional regulator  52.94 
 
 
199 aa  72.8  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3652  regulatory protein TetR  31.15 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1927  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
198 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 
201 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  39.17 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 
212 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 
202 aa  69.3  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1547  transcriptional regulator, TetR family  37.28 
 
 
194 aa  68.9  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0308789 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7494  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 
188 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  34.74 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  38.06 
 
 
208 aa  66.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4794  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
241 aa  66.2  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1551  TetR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386957  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0450  transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 
213 aa  65.5  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.258482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  37.12 
 
 
206 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
202 aa  65.5  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
204 aa  65.1  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0227  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 
247 aa  65.1  0.0000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.543112  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  39.83 
 
 
217 aa  64.7  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  37.16 
 
 
208 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 
215 aa  64.7  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1646  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
233 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
214 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 
209 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1438  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 
205 aa  63.5  0.000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.716565  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 
197 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  37.4 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1676  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
201 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.257121  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
289 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 
205 aa  62  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 
219 aa  62  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1028  regulatory protein TetR  34.11 
 
 
262 aa  62  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.190494  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1650  regulatory protein TetR  29.56 
 
 
203 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0671734  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3492  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 
231 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.781193  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0758  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 
197 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251208 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
212 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 
237 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
208 aa  60.1  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3700  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
186 aa  59.3  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  35.04 
 
 
252 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
215 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
215 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
215 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  29.78 
 
 
216 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0989  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
199 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1677  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 
257 aa  58.9  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.981661 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 
217 aa  58.9  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4412  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
252 aa  58.9  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 
190 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 
205 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1479  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 
190 aa  58.2  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 
223 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 
200 aa  57.8  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 
200 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0389  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 
222 aa  57.4  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.245239  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2298  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
207 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
221 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4559  transcriptional regulator, TetR family  29.49 
 
 
192 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5023  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
202 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3656  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
223 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 
208 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 
209 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13864  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
209 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4506  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
198 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04630  transcriptional regulator, tetR family  35 
 
 
216 aa  55.8  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4593  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
198 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10871  normal  0.699268 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3877  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
223 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.208498 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4889  TetR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
198 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 
202 aa  55.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
196 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
194 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 
213 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0013  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
424 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0542947  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>