More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4296 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
212 aa  424  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  45.23 
 
 
237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  41.15 
 
 
213 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4093  putative transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 
213 aa  104  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.365154  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  37.75 
 
 
222 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2398  TetR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
211 aa  94  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.010674  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
208 aa  89.4  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  35.65 
 
 
246 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  32.38 
 
 
215 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
212 aa  85.5  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2446  TetR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00126454  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  42.64 
 
 
215 aa  83.2  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 
280 aa  80.5  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0193  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 
208 aa  78.2  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  34.22 
 
 
226 aa  75.9  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  37.22 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3397  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 
204 aa  73.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0550529  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  41.6 
 
 
212 aa  71.6  0.000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 
252 aa  70.1  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06680  transcriptional regulator  29.94 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 
215 aa  65.9  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  43.24 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  40 
 
 
216 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
247 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
209 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1662  transcriptional regulator, TetR family  45.95 
 
 
206 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  0.0656981 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 
219 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 
246 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3333  transcriptional regulator, TetR family  33.49 
 
 
202 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2988  regulatory protein, TetR  32.7 
 
 
210 aa  63.5  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.399481  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 
206 aa  62.8  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 
217 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1157  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
215 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.225528  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 
208 aa  62.4  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
289 aa  62  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  50.79 
 
 
201 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 
212 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 
214 aa  61.6  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
204 aa  61.6  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
194 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 
204 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 
202 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
217 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  55 
 
 
217 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 
195 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2236  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.226682  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 
201 aa  60.5  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 
199 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 
206 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
203 aa  59.7  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
200 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  41.79 
 
 
206 aa  59.3  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 
209 aa  58.9  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 
208 aa  58.9  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
221 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2229  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
196 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00028806  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  45.71 
 
 
189 aa  58.5  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
215 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
215 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 
205 aa  58.2  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
215 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 
217 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4877  transcriptional regulator, TetR family  44.74 
 
 
201 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1156  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
192 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00478832  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
194 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2014  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0449612  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1986  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000218655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1968  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0105465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2169  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000817381  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3895  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 
204 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.467976  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2312  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000153851  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
206 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  47.46 
 
 
210 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  37.65 
 
 
226 aa  56.6  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  39.56 
 
 
206 aa  56.6  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
241 aa  56.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2004  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
196 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00390576  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
203 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 
214 aa  56.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
229 aa  56.2  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0053  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 
188 aa  55.8  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.573004  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4347  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 
191 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.685734 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
219 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 
215 aa  55.8  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
251 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2865  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
254 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
202 aa  55.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 
190 aa  55.5  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 
205 aa  55.1  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2276  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
403 aa  54.7  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.276985  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  40.26 
 
 
248 aa  54.7  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 
209 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  37 
 
 
212 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 
216 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  48.39 
 
 
209 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.238661 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>