More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0871 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 219 aa  441  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2069  TetR family transcriptional regulator  81.13 
 
 		 212 aa  325  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.327504 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  73.58 
 
 		 221 aa  288  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  39.81 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  39.77 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 		 222 aa  95.1  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  37.99 
 
 		 226 aa  91.7  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  39.87 
 
 		 208 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  36.69 
 
 		 215 aa  88.6  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1662  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 206 aa  88.2  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  0.0656981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3397  transcriptional regulator, TetR family  40.43 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0550529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  48.75 
 
 		 198 aa  75.9  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  37.42 
 
 		 280 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  42.57 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 213 aa  72  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6361  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0193  transcriptional regulator, TetR family  38.01 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  40.54 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  45.24 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  42.05 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 230 aa  62  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  55.36 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  42.71 
 
 		 252 aa  61.6  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  37.21 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7494  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  56.6 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3895  transcriptional regulator, TetR family  46.59 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.467976  normal  0.029552 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5007  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5062  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  43.42 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4643  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609609  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3720  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0838127 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  45.21 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3801  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.657762 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3781  regulatory protein TetR  30.86 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0489772  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3143  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2883  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.256454  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0998  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1016  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1026  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  29.65 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0989  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3652  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  44.32 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2014  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0449612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2312  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000153851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1986  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000218655  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4877  transcriptional regulator, TetR family  46.27 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1968  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0105465  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 200 aa  53.9  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2169  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000817381  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2004  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00390576  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 251 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 237 aa  53.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3604  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 192 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36980  transcriptional regulator  45.61 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.79172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 215 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3540  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 250 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  45.76 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>