287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2865 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2865  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  33.56 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  37.82 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  49.15 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1468  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 280 aa  55.8  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  40.54 
 
 		 216 aa  55.1  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3604  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3801  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.657762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 204 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0356  transcriptional regulator, TetR family  24.11 
 
 		 235 aa  53.5  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00145185  hitchhiker  0.0000223354 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  43.94 
 
 		 212 aa  53.9  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 208 aa  53.9  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 251 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 252 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  24.06 
 
 		 209 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 191 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  43.4 
 
 		 206 aa  53.1  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 206 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1053  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 200 aa  52.8  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.853566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 217 aa  52.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 212 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 192 aa  52.4  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 197 aa  52.4  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0764  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 204 aa  52.4  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000222329 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 237 aa  52.4  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 204 aa  52  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0334  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 226 aa  52  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.202617  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 215 aa  52  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 219 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4643  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609609  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3720  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0838127 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  24.53 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2388  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0946  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.806854  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 219 aa  51.2  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0550  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 229 aa  51.2  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.345828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  24.53 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0801  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 192 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0472  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0422  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 248 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0543  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.387034  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0655  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.64003  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2057  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.649855  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1961  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.140222  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1609  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 195 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 195 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 202 aa  49.7  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 194 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 214 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 212 aa  49.3  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 200 aa  49.7  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1821  transcriptional regulator, TetR family  21.64 
 
 		 212 aa  49.3  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 192 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 192 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 192 aa  49.3  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2653  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 199 aa  48.9  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0164897  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 199 aa  48.9  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 201 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 194 aa  48.5  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4802  TetR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 215 aa  48.5  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.96494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 201 aa  48.5  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 191 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 192 aa  48.5  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4685  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 259 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0466377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5031  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 194 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 214 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1640  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 216 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.305588 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2120  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 234 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249669 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4589  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.954889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 203 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5122  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 237 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>