More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3949 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
210 aa  412  1e-114  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  48.22 
 
 
201 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4463  transcriptional regulator, TetR family  45.58 
 
 
204 aa  105  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  37.24 
 
 
209 aa  94.7  8e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  40.36 
 
 
208 aa  90.1  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3143  transcriptional regulator, TetR family  38.05 
 
 
230 aa  89  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2988  regulatory protein, TetR  39.39 
 
 
210 aa  88.2  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.399481  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7123  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
200 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  31.66 
 
 
215 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  34.85 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08850  transcriptional regulator  34.95 
 
 
211 aa  83.2  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  36.55 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  42.76 
 
 
192 aa  80.1  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1251  transcriptional regulator, TetR family  33.84 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000596176 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 
202 aa  79.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 
217 aa  79.3  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  38.86 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3564  putative transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 
217 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.394377 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2375  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2422  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.04833  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2416  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 
191 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112157  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 
223 aa  75.9  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  37.24 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
203 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 
206 aa  74.7  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1180  TetR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
221 aa  74.7  0.0000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0198814  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  41.55 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  37.24 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4505  putative transcriptional regulator, TetR family  35.5 
 
 
202 aa  72  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319645  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  42.39 
 
 
202 aa  71.6  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2987  hypothetical protein  57.38 
 
 
219 aa  71.6  0.000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2112  transcriptional regulator, TetR family  74.47 
 
 
211 aa  71.6  0.000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.935315  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  43.33 
 
 
216 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0998  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
199 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1016  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
199 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355321  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1026  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
199 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23870  transcriptional regulator  32.85 
 
 
213 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0323672  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5385  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 
213 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0901691 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
214 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
204 aa  69.7  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  31 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  46.07 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  47.19 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
251 aa  68.6  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  47.19 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  47.19 
 
 
192 aa  68.9  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 
214 aa  68.6  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0450  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 
213 aa  68.2  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.258482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  56.67 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
208 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  60.34 
 
 
200 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04630  transcriptional regulator, tetR family  46.59 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  37.32 
 
 
248 aa  66.6  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
215 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 
210 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
215 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4473  putative transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 
208 aa  66.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446518  normal  0.220039 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2304  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 
195 aa  66.2  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000274121  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
215 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1928  transcriptional regulator, TetR family  59.65 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14590  transcriptional regulator, tetR family  37.12 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2173  regulatory protein, TetR  39.35 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 
222 aa  64.7  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10705  transcriptional regulator  30.73 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2165  putative transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
215 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.367605  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
215 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
241 aa  63.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
204 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4939  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  40.23 
 
 
214 aa  63.2  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3652  regulatory protein TetR  35 
 
 
188 aa  62.8  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1275  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 
200 aa  62.8  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  52.17 
 
 
202 aa  62.4  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1602  regulatory protein TetR  30.73 
 
 
216 aa  61.6  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0389  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 
222 aa  61.6  0.000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.245239  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1320  transcriptional regulator, TetR family  54.55 
 
 
239 aa  61.6  0.000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000520127 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2561  transcriptional regulator, TetR family  62.5 
 
 
197 aa  61.6  0.000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.212486  normal  0.0969091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5284  transcriptional regulator, TetR family  57.41 
 
 
217 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0667  transcriptional regulator, TetR family  40.16 
 
 
209 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5062  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
208 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  53.23 
 
 
192 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1662  transcriptional regulator, TetR family  48.42 
 
 
206 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  0.0656981 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0203  regulatory protein TetR  36.22 
 
 
186 aa  60.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.041689  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 
205 aa  60.5  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
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NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  42.68 
 
 
198 aa  59.7  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  50.85 
 
 
195 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5023  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
202 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011666  Msil_0871  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 
219 aa  60.1  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_4515  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
221 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009921  Franean1_4097  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
212 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 
212 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013131  Caci_7494  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 
188 aa  58.9  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009338  Mflv_3877  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
223 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.208498 
 
 
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NC_013131  Caci_5935  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 
234 aa  58.9  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.109466 
 
 
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NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 
197 aa  58.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.356858 
 
 
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