More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3720 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1301 aa  2624    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  28.45 
 
 		 1381 aa  321  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  28.71 
 
 		 1577 aa  297  8e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  31.18 
 
 		 788 aa  296  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  31.18 
 
 		 788 aa  296  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  27.81 
 
 		 1467 aa  287  7e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  30.13 
 
 		 913 aa  281  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  31.53 
 
 		 917 aa  272  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  31.26 
 
 		 903 aa  270  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3724  Rhs family protein-like protein  93.98 
 
 		 285 aa  266  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0108015  hitchhiker  0.00111387 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  30.11 
 
 		 920 aa  252  3e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  31.26 
 
 		 741 aa  251  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  30.43 
 
 		 889 aa  247  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  27.7 
 
 		 927 aa  245  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  30.33 
 
 		 764 aa  230  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  30.39 
 
 		 705 aa  224  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1433 aa  202  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  29.03 
 
 		 690 aa  196  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.87 
 
 		 1362 aa  194  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3726  hypothetical protein  86.41 
 
 		 222 aa  194  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01295  hitchhiker  0.00196674 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  28.59 
 
 		 1177 aa  189  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  22.59 
 
 		 2096 aa  188  7e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3727  hypothetical protein  76.47 
 
 		 187 aa  181  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00259449  hitchhiker  0.0064722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  26.59 
 
 		 1390 aa  179  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.71 
 
 		 1600 aa  177  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.4 
 
 		 2277 aa  176  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.09 
 
 		 1259 aa  175  5.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  25.47 
 
 		 1198 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.23 
 
 		 2149 aa  169  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  27 
 
 		 1673 aa  168  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.72 
 
 		 1560 aa  166  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  26.99 
 
 		 1679 aa  164  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  25.64 
 
 		 1609 aa  164  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.84 
 
 		 1429 aa  164  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.04 
 
 		 1271 aa  164  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  24.77 
 
 		 1547 aa  164  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.91 
 
 		 1595 aa  162  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.99 
 
 		 1520 aa  161  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.02 
 
 		 1586 aa  161  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.39 
 
 		 1611 aa  161  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.24 
 
 		 1489 aa  159  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  25.37 
 
 		 1379 aa  160  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  25.52 
 
 		 1639 aa  159  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.92 
 
 		 1527 aa  159  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25 
 
 		 1527 aa  158  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  25.7 
 
 		 1554 aa  155  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1189 aa  155  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 		 1551 aa  154  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 1352 aa  154  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  24.02 
 
 		 1981 aa  152  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.47 
 
 		 1550 aa  152  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  24.88 
 
 		 1385 aa  151  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.14 
 
 		 1576 aa  151  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  30.44 
 
 		 613 aa  150  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  22.99 
 
 		 1531 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.36 
 
 		 1485 aa  150  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.26 
 
 		 1568 aa  149  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.24 
 
 		 924 aa  148  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.41 
 
 		 1602 aa  147  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  26.44 
 
 		 683 aa  147  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.71 
 
 		 1614 aa  147  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  23.62 
 
 		 1400 aa  146  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.48 
 
 		 1518 aa  145  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  28.53 
 
 		 605 aa  145  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  26.64 
 
 		 1338 aa  144  8e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  25.66 
 
 		 1528 aa  144  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1586 aa  142  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  24.04 
 
 		 1409 aa  142  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  25.59 
 
 		 738 aa  142  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.61 
 
 		 1495 aa  141  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.23 
 
 		 1411 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  23.44 
 
 		 866 aa  140  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  24.24 
 
 		 1553 aa  140  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  24.63 
 
 		 1494 aa  140  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  24.63 
 
 		 1494 aa  140  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.61 
 
 		 1492 aa  139  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 1386 aa  138  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  22.64 
 
 		 1626 aa  138  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  28.4 
 
 		 468 aa  137  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  38.08 
 
 		 1509 aa  137  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  24.51 
 
 		 1466 aa  137  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.55 
 
 		 1572 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1381 aa  136  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  24.52 
 
 		 1573 aa  136  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1541 aa  135  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1541 aa  135  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1541 aa  135  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  23.22 
 
 		 1541 aa  135  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  23.11 
 
 		 1541 aa  134  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.94 
 
 		 1528 aa  134  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.06 
 
 		 1517 aa  133  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  23 
 
 		 1541 aa  133  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  23.62 
 
 		 1539 aa  132  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  24.47 
 
 		 1359 aa  132  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1509 aa  132  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  22.98 
 
 		 1368 aa  131  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  23.89 
 
 		 867 aa  131  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1699 aa  131  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.6 
 
 		 1487 aa  130  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  20.79 
 
 		 2035 aa  130  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>