More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3727 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3727  hypothetical protein  100 
 
 		 187 aa  388  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00259449  hitchhiker  0.0064722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  76.47 
 
 		 1301 aa  181  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3724  Rhs family protein-like protein  77.31 
 
 		 285 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0108015  hitchhiker  0.00111387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3726  hypothetical protein  76.7 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01295  hitchhiker  0.00196674 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  58.21 
 
 		 1467 aa  85.9  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  56.92 
 
 		 1381 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  57.81 
 
 		 1308 aa  81.3  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  39.83 
 
 		 690 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  52.94 
 
 		 917 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2213  RhsD protein precursor  45.56 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017753  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  48.15 
 
 		 605 aa  79  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  50 
 
 		 423 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2441  hypothetical protein  52.78 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  55.22 
 
 		 1433 aa  78.6  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  60 
 
 		 1411 aa  78.2  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  60 
 
 		 1411 aa  78.2  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  60 
 
 		 1411 aa  78.2  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  60 
 
 		 1411 aa  78.2  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  60 
 
 		 1411 aa  78.2  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  60 
 
 		 1411 aa  78.2  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  45.12 
 
 		 741 aa  77.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  41.59 
 
 		 913 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  41.96 
 
 		 1892 aa  77.4  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0130  Rhs family protein-like protein  44.14 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  52.7 
 
 		 1489 aa  77  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  52.75 
 
 		 1379 aa  76.3  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  46.67 
 
 		 788 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  46.67 
 
 		 788 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  40.19 
 
 		 927 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  52.7 
 
 		 1673 aa  76.3  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  57.14 
 
 		 1338 aa  75.1  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  43.93 
 
 		 502 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  43.12 
 
 		 314 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  43.12 
 
 		 233 aa  74.7  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  43.12 
 
 		 314 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2293  RhsD protein  53.62 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  43.12 
 
 		 314 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  43.12 
 
 		 312 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  55.56 
 
 		 554 aa  74.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  60 
 
 		 1388 aa  74.7  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  52.56 
 
 		 2144 aa  74.7  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  55.56 
 
 		 1397 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  60 
 
 		 1409 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  55.56 
 
 		 1397 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03448  rhsA element core protein RshA  56.45 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  55.56 
 
 		 1397 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  55.56 
 
 		 1397 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  50.59 
 
 		 1639 aa  73.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03399  hypothetical protein  56.45 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  46.67 
 
 		 705 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00450  conserved protein, rhs-like protein  48.1 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3111  RHS protein  48.1 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.791839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4081  YD repeat-containing protein  51.52 
 
 		 713 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  51.52 
 
 		 1365 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00455  hypothetical protein  48.1 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  57.35 
 
 		 1520 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  48.1 
 
 		 1398 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  51.52 
 
 		 1394 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0538  Rhs domain-containing protein  46.84 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  47.95 
 
 		 1405 aa  72  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  59.02 
 
 		 1541 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  50.7 
 
 		 1410 aa  72  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  56.67 
 
 		 1377 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  56.67 
 
 		 1377 aa  71.2  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  54.84 
 
 		 1791 aa  71.6  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1381 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1541 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1541 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  56.25 
 
 		 1189 aa  70.5  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1541 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  57.81 
 
 		 1699 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1541 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  57.38 
 
 		 1541 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  54.1 
 
 		 1199 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  57.63 
 
 		 1426 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  48.33 
 
 		 1600 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  58.33 
 
 		 598 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  57.63 
 
 		 1429 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1825  Rhs family protein  48.15 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.337988  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  50.7 
 
 		 1679 aa  69.7  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  53.97 
 
 		 1268 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  59.68 
 
 		 1518 aa  70.1  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  57.63 
 
 		 1426 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  46.48 
 
 		 764 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  48.72 
 
 		 451 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  50 
 
 		 1415 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  55.74 
 
 		 1553 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  51.56 
 
 		 903 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  57.63 
 
 		 1426 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0258  RHS Repeat family protein  51.47 
 
 		 586 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00908  putative RSH-related protein  46.48 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  45.45 
 
 		 738 aa  68.9  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  54.69 
 
 		 1527 aa  68.9  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  39.82 
 
 		 1429 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  46.38 
 
 		 1528 aa  68.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  47.06 
 
 		 1390 aa  68.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  48.19 
 
 		 1614 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  37.1 
 
 		 1384 aa  68.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  36.59 
 
 		 477 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  36.59 
 
 		 477 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>