More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3572 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3071  preprotein translocase subunit SecD  76.16 
 
 		 604 aa  938    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3400  preprotein translocase subunit SecD  82.78 
 
 		 604 aa  1013    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0357817  decreased coverage  0.0000399692 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1193  preprotein translocase subunit SecD  74.1 
 
 		 618 aa  882    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2845  preprotein translocase subunit SecD  74.01 
 
 		 604 aa  902    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012953  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000524  protein-export membrane protein SecD  58.88 
 
 		 612 aa  679    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3428  preprotein translocase subunit SecD  72.85 
 
 		 604 aa  888    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0221166  decreased coverage  0.000136578 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3572  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 604 aa  1224    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.134678  hitchhiker  0.00567873 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1117  preprotein translocase subunit SecD  73.01 
 
 		 604 aa  891    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.425864  hitchhiker  0.000000000194648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1015  preprotein translocase subunit SecD  72 
 
 		 624 aa  875    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.213021  hitchhiker  0.00788226 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1080  preprotein translocase subunit SecD  71.68 
 
 		 624 aa  871    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.944586  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0979  preprotein translocase subunit SecD  67.55 
 
 		 603 aa  810    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696029  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0633  preprotein translocase subunit SecD  58.63 
 
 		 612 aa  674    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1019  preprotein translocase subunit SecD  72.16 
 
 		 624 aa  877    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0540242  hitchhiker  0.000304522 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05361  preprotein translocase subunit SecD  60.03 
 
 		 612 aa  707    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3250  preprotein translocase subunit SecD  73.01 
 
 		 604 aa  890    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.235226  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3292  preprotein translocase subunit SecD  72.52 
 
 		 604 aa  884    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0203863  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2499  protein-export membrane protein SecD  56.96 
 
 		 611 aa  623  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  43.26 
 
 		 615 aa  498  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  43.26 
 
 		 615 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  42.41 
 
 		 615 aa  493  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  42.34 
 
 		 615 aa  489  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 		 615 aa  487  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  41.85 
 
 		 615 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  41.85 
 
 		 615 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  43.05 
 
 		 604 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  41.85 
 
 		 615 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  41.85 
 
 		 615 aa  482  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  40.72 
 
 		 616 aa  479  1e-134  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  41.85 
 
 		 615 aa  482  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4203  preprotein translocase subunit SecD  47.02 
 
 		 608 aa  477  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  41.11 
 
 		 604 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  42.79 
 
 		 620 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  41.11 
 
 		 604 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  41.01 
 
 		 614 aa  464  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  43.19 
 
 		 616 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  42.62 
 
 		 618 aa  458  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  42.36 
 
 		 616 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  42.2 
 
 		 616 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  42.53 
 
 		 617 aa  455  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  41.78 
 
 		 604 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  42.62 
 
 		 604 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  43 
 
 		 607 aa  450  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  42.39 
 
 		 616 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  42.39 
 
 		 616 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  41.61 
 
 		 604 aa  451  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  43 
 
 		 607 aa  449  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  42.39 
 
 		 616 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  42.13 
 
 		 616 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  43.17 
 
 		 599 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  42.04 
 
 		 616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  42.46 
 
 		 616 aa  449  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  41.97 
 
 		 616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  41.8 
 
 		 616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  42.06 
 
 		 616 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  42.53 
 
 		 616 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  40.82 
 
 		 616 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  41.81 
 
 		 604 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  42.03 
 
 		 610 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  40.36 
 
 		 615 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0599  protein-export membrane protein SecD  39.54 
 
 		 612 aa  438  1e-121  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  41.54 
 
 		 616 aa  432  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  41.56 
 
 		 623 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  40.59 
 
 		 618 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  41.05 
 
 		 616 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  39.29 
 
 		 625 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  38.25 
 
 		 618 aa  391  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  37.11 
 
 		 622 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  37.11 
 
 		 622 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  38.93 
 
 		 620 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  38.59 
 
 		 622 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  38.54 
 
 		 622 aa  391  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  38.73 
 
 		 621 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  38.61 
 
 		 620 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  37.94 
 
 		 622 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  38.04 
 
 		 622 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  37.93 
 
 		 624 aa  386  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 		 622 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  40.06 
 
 		 616 aa  383  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 618 aa  381  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  38.36 
 
 		 618 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  37.48 
 
 		 625 aa  379  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  35.55 
 
 		 622 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  38.26 
 
 		 620 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  38.52 
 
 		 623 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  38.2 
 
 		 620 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  38.1 
 
 		 620 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  36.87 
 
 		 681 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  36.7 
 
 		 626 aa  371  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1277  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 625 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000238254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  37.88 
 
 		 620 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  36.5 
 
 		 618 aa  368  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  37.42 
 
 		 620 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  35.74 
 
 		 621 aa  364  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  37.02 
 
 		 614 aa  365  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>