More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1230 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  59.84 
 
 		 615 aa  734    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  59.5 
 
 		 604 aa  714    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  59.84 
 
 		 615 aa  734    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  60.94 
 
 		 616 aa  735    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  60.45 
 
 		 616 aa  732    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  59.67 
 
 		 615 aa  733    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  62.93 
 
 		 615 aa  760    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  60.29 
 
 		 616 aa  719    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  62.07 
 
 		 617 aa  743    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  60.29 
 
 		 616 aa  727    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  60.16 
 
 		 615 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  60.33 
 
 		 615 aa  755    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  60 
 
 		 604 aa  734    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  61.1 
 
 		 616 aa  727    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  62.74 
 
 		 620 aa  757    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  61.29 
 
 		 607 aa  727    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  62.3 
 
 		 618 aa  743    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  60.16 
 
 		 615 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  59.84 
 
 		 615 aa  734    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  57.69 
 
 		 604 aa  670    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  63.18 
 
 		 610 aa  749    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  60.16 
 
 		 615 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  60.45 
 
 		 616 aa  732    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  58.51 
 
 		 604 aa  682    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  59.84 
 
 		 615 aa  734    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  75.46 
 
 		 599 aa  909    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  59.32 
 
 		 616 aa  715    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  60.16 
 
 		 615 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  60.33 
 
 		 615 aa  755    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  60.29 
 
 		 616 aa  728    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  60.54 
 
 		 604 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  60.45 
 
 		 616 aa  732    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  59.84 
 
 		 615 aa  734    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  61.29 
 
 		 607 aa  728    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 614 aa  1250    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  59.84 
 
 		 615 aa  734    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  59.84 
 
 		 615 aa  734    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  60.16 
 
 		 615 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  52.27 
 
 		 616 aa  657    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  59.81 
 
 		 616 aa  717    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  61.1 
 
 		 616 aa  736    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  61.43 
 
 		 616 aa  740    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  59.81 
 
 		 616 aa  710    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  59.5 
 
 		 604 aa  714    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  61.59 
 
 		 616 aa  742    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  60.37 
 
 		 604 aa  716    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  60 
 
 		 615 aa  756    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  60.62 
 
 		 616 aa  733    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0599  protein-export membrane protein SecD  50.65 
 
 		 612 aa  618  1e-176  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  55.36 
 
 		 623 aa  613  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  54.44 
 
 		 618 aa  610  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  49.76 
 
 		 624 aa  578  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  49.05 
 
 		 620 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  48.73 
 
 		 620 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  49.92 
 
 		 622 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  50.4 
 
 		 616 aa  564  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  50 
 
 		 616 aa  561  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  50.57 
 
 		 618 aa  561  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  50.57 
 
 		 618 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  48.57 
 
 		 622 aa  559  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  51.13 
 
 		 625 aa  561  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  48.18 
 
 		 622 aa  557  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  49.2 
 
 		 616 aa  558  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  47.62 
 
 		 620 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  47.46 
 
 		 620 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  47.46 
 
 		 620 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  47.14 
 
 		 620 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  49.92 
 
 		 621 aa  545  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  46.84 
 
 		 622 aa  542  1e-153  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  46.34 
 
 		 681 aa  543  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  46.59 
 
 		 622 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  46.59 
 
 		 622 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  46.68 
 
 		 622 aa  538  1e-151  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  47.6 
 
 		 609 aa  535  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  46.02 
 
 		 687 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  46.45 
 
 		 623 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  49.76 
 
 		 618 aa  529  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3992  preprotein translocase subunit SecD  46.02 
 
 		 695 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725975  normal  0.167687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  43.7 
 
 		 626 aa  524  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  48.56 
 
 		 620 aa  522  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  44.61 
 
 		 621 aa  525  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  47.13 
 
 		 625 aa  521  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  42.9 
 
 		 632 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  43.93 
 
 		 629 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  43.77 
 
 		 629 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  44.18 
 
 		 627 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  42.9 
 
 		 632 aa  513  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  47.01 
 
 		 614 aa  513  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  42.9 
 
 		 632 aa  514  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  46.3 
 
 		 622 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  42.81 
 
 		 625 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  42.26 
 
 		 640 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  43.29 
 
 		 633 aa  499  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2571  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 		 675 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  45.65 
 
 		 604 aa  498  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3373  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 		 674 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1163  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 		 675 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.251758  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0688  preprotein translocase subunit SecD  45.47 
 
 		 673 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.70509 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3364  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 		 674 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0720  preprotein translocase subunit SecD  45.47 
 
 		 673 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>