More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0683 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
616 aa  1236    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  54.12 
 
 
604 aa  635    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  59.29 
 
 
618 aa  700    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  56.45 
 
 
620 aa  656    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  56.25 
 
 
623 aa  669    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  52.89 
 
 
622 aa  627  1e-178  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  51.84 
 
 
625 aa  623  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  51.2 
 
 
626 aa  619  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  51.03 
 
 
629 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  51.03 
 
 
629 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  52.48 
 
 
621 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  54.74 
 
 
625 aa  613  9.999999999999999e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  53.13 
 
 
609 aa  608  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  50.82 
 
 
614 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  52.1 
 
 
621 aa  598  1e-170  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  52 
 
 
626 aa  600  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  50.16 
 
 
632 aa  597  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  53.78 
 
 
614 aa  596  1e-169  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  49.45 
 
 
632 aa  591  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  49.45 
 
 
632 aa  590  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  51.88 
 
 
618 aa  588  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  52.24 
 
 
621 aa  589  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  48.37 
 
 
615 aa  589  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  49.02 
 
 
616 aa  589  1e-167  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  51.03 
 
 
627 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  48.37 
 
 
615 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  49.34 
 
 
622 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  47.63 
 
 
615 aa  585  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  50.9 
 
 
617 aa  585  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  49.76 
 
 
681 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  49.18 
 
 
622 aa  582  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  50.64 
 
 
626 aa  579  1e-164  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  51.92 
 
 
633 aa  580  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  50.65 
 
 
618 aa  579  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0193  preprotein translocase subunit SecD  49.11 
 
 
614 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  47.8 
 
 
615 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  47.8 
 
 
615 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  47.8 
 
 
615 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  52.06 
 
 
636 aa  574  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  47.8 
 
 
615 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3992  preprotein translocase subunit SecD  49.76 
 
 
695 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725975  normal  0.167687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  49.76 
 
 
687 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  47.8 
 
 
615 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  49.92 
 
 
640 aa  572  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  49.35 
 
 
616 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  49.27 
 
 
615 aa  568  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  47.93 
 
 
604 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  49.02 
 
 
616 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  49.02 
 
 
616 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  51.26 
 
 
599 aa  569  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  49.02 
 
 
616 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  49.02 
 
 
616 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  49.19 
 
 
616 aa  571  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  48.88 
 
 
618 aa  569  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  47.47 
 
 
615 aa  571  1e-161  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  49.35 
 
 
616 aa  566  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0169  preprotein translocase subunit SecD  48.78 
 
 
614 aa  568  1e-160  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  50.5 
 
 
607 aa  567  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00522  preprotein translocase subunit SecD  49.27 
 
 
614 aa  568  1e-160  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  47.91 
 
 
620 aa  562  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  48.86 
 
 
616 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  50.33 
 
 
607 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  49.84 
 
 
621 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  46.82 
 
 
615 aa  562  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  49.84 
 
 
624 aa  559  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  48.05 
 
 
616 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  49.92 
 
 
625 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  48.05 
 
 
616 aa  557  1e-157  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  47.18 
 
 
604 aa  551  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  47.18 
 
 
604 aa  551  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  48.62 
 
 
616 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1791  protein-export membrane protein SecD  49.2 
 
 
619 aa  550  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.779006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  47.29 
 
 
604 aa  548  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  49.44 
 
 
624 aa  548  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  46.78 
 
 
604 aa  546  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  47.07 
 
 
616 aa  547  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  47.42 
 
 
618 aa  545  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3808  preprotein translocase subunit SecD  49.36 
 
 
674 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  48.43 
 
 
610 aa  542  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0236  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
673 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0635  preprotein translocase subunit SecD  49.2 
 
 
673 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0688  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
673 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.70509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  48.86 
 
 
616 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0610  preprotein translocase subunit SecD  49.2 
 
 
673 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0720  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
673 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  48.87 
 
 
616 aa  539  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1508  protein-export membrane protein SecD  48.82 
 
 
619 aa  540  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.512393 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  47.1 
 
 
618 aa  541  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  47.54 
 
 
622 aa  539  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2666  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
673 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.607509 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3330  preprotein translocase subunit SecD  49.36 
 
 
675 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3373  preprotein translocase subunit SecD  49.36 
 
 
674 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0301  preprotein translocase subunit SecD  49.36 
 
 
675 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2571  preprotein translocase subunit SecD  49.36 
 
 
675 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>