More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2350 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  59.29 
 
 		 616 aa  694    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  56.23 
 
 		 607 aa  638    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  55.25 
 
 		 615 aa  646    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  53.23 
 
 		 615 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  55.86 
 
 		 610 aa  647    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 618 aa  1226    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  55.09 
 
 		 616 aa  636    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  56.39 
 
 		 607 aa  637    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  53.23 
 
 		 615 aa  646    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  58 
 
 		 625 aa  655    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  53.55 
 
 		 615 aa  647    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  56.52 
 
 		 620 aa  656    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  54.77 
 
 		 616 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  54.44 
 
 		 614 aa  650    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  55 
 
 		 616 aa  641    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  55.9 
 
 		 616 aa  646    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  56.06 
 
 		 616 aa  649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  57.14 
 
 		 621 aa  648    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  56.61 
 
 		 618 aa  657    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  59.32 
 
 		 622 aa  683    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  65.27 
 
 		 623 aa  749    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  55.09 
 
 		 616 aa  636    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  56.22 
 
 		 616 aa  650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  55.09 
 
 		 616 aa  636    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  53.8 
 
 		 616 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  56.61 
 
 		 617 aa  633  1e-180  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  52.25 
 
 		 615 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  52.25 
 
 		 615 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  54.93 
 
 		 616 aa  631  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  52.25 
 
 		 615 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  52.25 
 
 		 615 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  52.26 
 
 		 622 aa  628  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  52.25 
 
 		 615 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  52.79 
 
 		 604 aa  625  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  52.1 
 
 		 622 aa  625  1e-178  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  54.03 
 
 		 616 aa  626  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  51.45 
 
 		 615 aa  627  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  51.45 
 
 		 616 aa  625  1e-178  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  55.57 
 
 		 616 aa  625  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  51.77 
 
 		 615 aa  624  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  53.74 
 
 		 620 aa  620  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  54.12 
 
 		 616 aa  620  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  53.8 
 
 		 616 aa  617  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  53.92 
 
 		 609 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  53.47 
 
 		 616 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  55.34 
 
 		 618 aa  611  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  51.15 
 
 		 604 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  51.15 
 
 		 604 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  51.67 
 
 		 604 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  51.84 
 
 		 604 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  53.88 
 
 		 614 aa  601  1e-170  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  49.68 
 
 		 625 aa  593  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  53.14 
 
 		 599 aa  594  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  51.8 
 
 		 604 aa  588  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  51.05 
 
 		 604 aa  588  1e-166  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  51.07 
 
 		 604 aa  586  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  50.57 
 
 		 618 aa  578  1e-164  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  50.4 
 
 		 618 aa  577  1.0000000000000001e-163  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  50.8 
 
 		 626 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  51.75 
 
 		 621 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  50.96 
 
 		 624 aa  568  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  48.48 
 
 		 626 aa  566  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  48.48 
 
 		 632 aa  568  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  48.16 
 
 		 632 aa  565  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  48.48 
 
 		 632 aa  567  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  48.88 
 
 		 627 aa  565  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  49.68 
 
 		 622 aa  559  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  48.08 
 
 		 621 aa  554  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  48.8 
 
 		 626 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0599  protein-export membrane protein SecD  47.17 
 
 		 612 aa  554  1e-156  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  46.9 
 
 		 681 aa  551  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  49.37 
 
 		 633 aa  545  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  47.61 
 
 		 629 aa  547  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  50.4 
 
 		 616 aa  546  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  47.45 
 
 		 629 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  47.04 
 
 		 640 aa  544  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  49.36 
 
 		 625 aa  545  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  48.81 
 
 		 625 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  50.4 
 
 		 616 aa  543  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  48.73 
 
 		 636 aa  540  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  49.13 
 
 		 622 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  48.34 
 
 		 622 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  48.34 
 
 		 622 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1277  preprotein translocase subunit SecD  49.28 
 
 		 625 aa  534  1e-150  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000238254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  48.18 
 
 		 623 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  47.53 
 
 		 620 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  48.48 
 
 		 624 aa  535  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3992  preprotein translocase subunit SecD  46.81 
 
 		 695 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725975  normal  0.167687 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1108  preprotein translocase subunit SecD  49.28 
 
 		 625 aa  533  1e-150  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0562212  normal  0.23819 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  48.8 
 
 		 621 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00522  preprotein translocase subunit SecD  45.62 
 
 		 614 aa  533  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  46.65 
 
 		 687 aa  535  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  47.53 
 
 		 620 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  45.15 
 
 		 618 aa  526  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>