More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1617 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
618 aa  1232    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0193  preprotein translocase subunit SecD  69.95 
 
 
614 aa  872    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00522  preprotein translocase subunit SecD  75.4 
 
 
614 aa  945    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0169  preprotein translocase subunit SecD  69.95 
 
 
614 aa  872    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  49.04 
 
 
616 aa  531  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  47.44 
 
 
620 aa  530  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  46.3 
 
 
623 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  45.43 
 
 
622 aa  511  1e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  44.13 
 
 
625 aa  503  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  43.74 
 
 
616 aa  500  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  45.1 
 
 
618 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  44.36 
 
 
621 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  42.6 
 
 
614 aa  490  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1277  preprotein translocase subunit SecD  44.76 
 
 
625 aa  488  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000238254  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  42.6 
 
 
615 aa  486  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  42.88 
 
 
625 aa  486  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  44.08 
 
 
632 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  44.6 
 
 
621 aa  487  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  44.08 
 
 
616 aa  486  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  45.83 
 
 
625 aa  482  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  45.7 
 
 
614 aa  483  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  42.9 
 
 
618 aa  483  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1108  preprotein translocase subunit SecD  44.65 
 
 
625 aa  484  1e-135  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0562212  normal  0.23819 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  45.87 
 
 
623 aa  482  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  45.28 
 
 
620 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  43.92 
 
 
632 aa  482  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  42.18 
 
 
622 aa  480  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  45.09 
 
 
622 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  42.18 
 
 
622 aa  479  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  45.44 
 
 
620 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  42.23 
 
 
615 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  43.6 
 
 
627 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  42.76 
 
 
615 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  41.59 
 
 
615 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  43.57 
 
 
626 aa  477  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  43.49 
 
 
616 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 
615 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  45.29 
 
 
599 aa  478  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  41.59 
 
 
615 aa  476  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  42.77 
 
 
620 aa  476  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  44.53 
 
 
604 aa  477  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  44.64 
 
 
618 aa  477  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 
615 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 
615 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  42.76 
 
 
615 aa  478  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  43.49 
 
 
616 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  43.49 
 
 
616 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  42.9 
 
 
616 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  43.07 
 
 
616 aa  478  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  44.69 
 
 
617 aa  477  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  44.97 
 
 
622 aa  475  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  43.85 
 
 
607 aa  474  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  42.93 
 
 
616 aa  474  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  43.33 
 
 
629 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  44.01 
 
 
607 aa  475  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  43.49 
 
 
629 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  44.18 
 
 
626 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  41.16 
 
 
615 aa  470  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  41.61 
 
 
616 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  44.81 
 
 
622 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  44.73 
 
 
622 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  43.32 
 
 
616 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  42.95 
 
 
616 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  42.58 
 
 
616 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  43.81 
 
 
616 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  43.44 
 
 
616 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  42.79 
 
 
616 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  44.23 
 
 
610 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  44.52 
 
 
624 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  42.25 
 
 
616 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  44.78 
 
 
616 aa  468  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  44.36 
 
 
621 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 
620 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  41.9 
 
 
604 aa  464  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  42.4 
 
 
615 aa  463  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  41.9 
 
 
604 aa  464  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  42.53 
 
 
604 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 
681 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  42.65 
 
 
632 aa  463  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 
620 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  44.44 
 
 
620 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  42.31 
 
 
622 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  44.22 
 
 
609 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 
620 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  42.41 
 
 
687 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3992  preprotein translocase subunit SecD  42.5 
 
 
695 aa  455  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725975  normal  0.167687 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  43.29 
 
 
633 aa  455  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  42.56 
 
 
640 aa  450  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  42.97 
 
 
636 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  42.88 
 
 
625 aa  448  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  42.31 
 
 
621 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  41.24 
 
 
626 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  42.62 
 
 
604 aa  445  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  42.69 
 
 
604 aa  444  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>