More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2700 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  59.06 
 
 
615 aa  736    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  58.98 
 
 
604 aa  714    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  57.99 
 
 
604 aa  685    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  58.58 
 
 
615 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  736    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  58.51 
 
 
615 aa  718    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  83.6 
 
 
616 aa  1029    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  58.58 
 
 
615 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  82.95 
 
 
616 aa  1037    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  736    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  58.74 
 
 
615 aa  733    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
604 aa  719    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  59.06 
 
 
615 aa  736    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  58.98 
 
 
604 aa  733    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  84.25 
 
 
616 aa  1045    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  753    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  84.43 
 
 
610 aa  1034    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  60.81 
 
 
620 aa  738    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  736    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  61.97 
 
 
618 aa  756    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  61.78 
 
 
607 aa  729    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  60.36 
 
 
615 aa  756    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  61.13 
 
 
599 aa  722    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  87.99 
 
 
616 aa  1095    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  86.2 
 
 
616 aa  1069    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  753    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  58.89 
 
 
604 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  62.11 
 
 
607 aa  734    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  86.04 
 
 
616 aa  1064    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  59.81 
 
 
614 aa  751    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  736    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  86.69 
 
 
616 aa  1069    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  86.2 
 
 
616 aa  1069    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  53.31 
 
 
616 aa  677    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  86.2 
 
 
616 aa  1069    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  58.74 
 
 
615 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  86.2 
 
 
616 aa  1065    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  59.06 
 
 
615 aa  736    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  86.2 
 
 
616 aa  1068    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
616 aa  1242    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  85.39 
 
 
616 aa  1060    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  58.74 
 
 
615 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  84.42 
 
 
616 aa  1038    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  58.98 
 
 
604 aa  714    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  86.04 
 
 
616 aa  1066    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  62.4 
 
 
617 aa  732    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  58.74 
 
 
615 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  57.99 
 
 
604 aa  683    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  55.97 
 
 
618 aa  619  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  53.69 
 
 
623 aa  619  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0599  protein-export membrane protein SecD  49.68 
 
 
612 aa  612  9.999999999999999e-175  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  50.88 
 
 
624 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  49.84 
 
 
621 aa  575  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  50.08 
 
 
622 aa  558  1e-158  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  48.88 
 
 
616 aa  553  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
618 aa  555  1e-156  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  49.68 
 
 
620 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  48.89 
 
 
620 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  49.69 
 
 
622 aa  547  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
616 aa  545  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  48.89 
 
 
620 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  48.49 
 
 
620 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  48.34 
 
 
622 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  49.05 
 
 
620 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  49.11 
 
 
625 aa  540  9.999999999999999e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  48.34 
 
 
622 aa  541  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  49.05 
 
 
620 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  48.34 
 
 
622 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  49.68 
 
 
618 aa  535  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  47.88 
 
 
616 aa  534  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  49.52 
 
 
618 aa  534  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  45.97 
 
 
622 aa  529  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  50 
 
 
620 aa  530  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  45.83 
 
 
625 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  47.92 
 
 
622 aa  528  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  45.38 
 
 
632 aa  526  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  45.97 
 
 
622 aa  528  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  48.26 
 
 
623 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  48.06 
 
 
614 aa  523  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  45.22 
 
 
632 aa  523  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  44.11 
 
 
632 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  46.23 
 
 
625 aa  513  1e-144  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  46.13 
 
 
604 aa  510  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  44.41 
 
 
627 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  44.75 
 
 
626 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  43.31 
 
 
626 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  43.79 
 
 
629 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  43.15 
 
 
681 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  43.31 
 
 
629 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  45.7 
 
 
609 aa  501  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  43.47 
 
 
640 aa  502  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00522  preprotein translocase subunit SecD  44.08 
 
 
614 aa  496  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  43.77 
 
 
621 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  45.41 
 
 
626 aa  498  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1277  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 
625 aa  492  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000238254  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  43.81 
 
 
618 aa  492  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  44.32 
 
 
636 aa  494  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  43.96 
 
 
633 aa  494  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1108  preprotein translocase subunit SecD  45.14 
 
 
625 aa  495  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0562212  normal  0.23819 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  44.98 
 
 
624 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>