More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1193 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2845  preprotein translocase subunit SecD  86.27 
 
 
604 aa  1054    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012953  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1193  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
618 aa  1245    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2499  protein-export membrane protein SecD  57.91 
 
 
611 aa  643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101855  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3071  preprotein translocase subunit SecD  69.14 
 
 
604 aa  855    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3400  preprotein translocase subunit SecD  72.7 
 
 
604 aa  881    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0357817  decreased coverage  0.0000399692 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05361  preprotein translocase subunit SecD  60.58 
 
 
612 aa  743    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0633  preprotein translocase subunit SecD  60.83 
 
 
612 aa  715    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3572  preprotein translocase subunit SecD  74.1 
 
 
604 aa  848    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.134678  hitchhiker  0.00567873 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3250  preprotein translocase subunit SecD  86.43 
 
 
604 aa  1050    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.235226  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3292  preprotein translocase subunit SecD  86.27 
 
 
604 aa  1048    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0203863  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1015  preprotein translocase subunit SecD  93.91 
 
 
624 aa  1166    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.213021  hitchhiker  0.00788226 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1080  preprotein translocase subunit SecD  93.27 
 
 
624 aa  1155    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.944586  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0979  preprotein translocase subunit SecD  68.61 
 
 
603 aa  811    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696029  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3428  preprotein translocase subunit SecD  86.27 
 
 
604 aa  1047    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0221166  decreased coverage  0.000136578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1117  preprotein translocase subunit SecD  86.11 
 
 
604 aa  1048    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.425864  hitchhiker  0.000000000194648 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000524  protein-export membrane protein SecD  60.42 
 
 
612 aa  721    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26477  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1019  preprotein translocase subunit SecD  93.75 
 
 
624 aa  1164    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0540242  hitchhiker  0.000304522 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4203  preprotein translocase subunit SecD  47.59 
 
 
608 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  43.5 
 
 
615 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  43.5 
 
 
615 aa  491  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  43.84 
 
 
615 aa  488  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  43 
 
 
615 aa  481  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  41.25 
 
 
616 aa  481  1e-134  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  42.19 
 
 
615 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  42.63 
 
 
617 aa  473  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  43.3 
 
 
604 aa  475  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  42.97 
 
 
615 aa  471  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  42.95 
 
 
620 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  41.45 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  41.45 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  42.95 
 
 
616 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  41.45 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  42.95 
 
 
616 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  41.45 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  41.45 
 
 
615 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  42.95 
 
 
616 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  42.79 
 
 
616 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 
618 aa  464  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  41.97 
 
 
604 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  42.63 
 
 
616 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  43.11 
 
 
616 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  42.98 
 
 
607 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  41.1 
 
 
614 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  42.79 
 
 
616 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  42.95 
 
 
616 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  41.97 
 
 
604 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  43.11 
 
 
616 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  42.79 
 
 
616 aa  457  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  43.75 
 
 
616 aa  458  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  42.47 
 
 
616 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  43.27 
 
 
616 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  43.34 
 
 
610 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  42.48 
 
 
607 aa  452  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  43.07 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  42.9 
 
 
604 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  42.79 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  42.95 
 
 
616 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  43.28 
 
 
604 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  42.72 
 
 
616 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  41.9 
 
 
599 aa  437  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0599  protein-export membrane protein SecD  41.79 
 
 
612 aa  434  1e-120  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  41.38 
 
 
623 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  42.1 
 
 
616 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  41.57 
 
 
618 aa  421  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  40.73 
 
 
621 aa  420  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  40.96 
 
 
618 aa  414  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  40.32 
 
 
624 aa  412  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  38.57 
 
 
622 aa  407  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  40.32 
 
 
616 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  38.57 
 
 
622 aa  407  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  39.16 
 
 
622 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  39.16 
 
 
622 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  39.59 
 
 
620 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  39.21 
 
 
622 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  39.46 
 
 
620 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  39.62 
 
 
620 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  39.46 
 
 
620 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 
625 aa  395  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  39.01 
 
 
622 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  40.19 
 
 
620 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  39.49 
 
 
620 aa  387  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  39.27 
 
 
620 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  39.84 
 
 
622 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  38.54 
 
 
618 aa  383  1e-105  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  38.54 
 
 
618 aa  382  1e-105  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  37.96 
 
 
625 aa  385  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  37.14 
 
 
618 aa  383  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  39.69 
 
 
623 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  38.62 
 
 
681 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  38 
 
 
687 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1277  preprotein translocase subunit SecD  39.04 
 
 
625 aa  371  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000238254  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  35.84 
 
 
621 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  35.7 
 
 
622 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3992  preprotein translocase subunit SecD  38.3 
 
 
695 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725975  normal  0.167687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>