More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2499 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3250  preprotein translocase subunit SecD  57.5 
 
 
604 aa  649    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.235226  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1117  preprotein translocase subunit SecD  57.5 
 
 
604 aa  649    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.425864  hitchhiker  0.000000000194648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1193  preprotein translocase subunit SecD  57.91 
 
 
618 aa  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3400  preprotein translocase subunit SecD  56.91 
 
 
604 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0357817  decreased coverage  0.0000399692 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2845  preprotein translocase subunit SecD  57.8 
 
 
604 aa  652    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.012953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3428  preprotein translocase subunit SecD  57.5 
 
 
604 aa  647    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0221166  decreased coverage  0.000136578 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3292  preprotein translocase subunit SecD  57.5 
 
 
604 aa  647    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0203863  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3071  preprotein translocase subunit SecD  55.83 
 
 
604 aa  635    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.143889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2499  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 
611 aa  1214    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101855  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1015  preprotein translocase subunit SecD  56.11 
 
 
624 aa  648    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.213021  hitchhiker  0.00788226 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1080  preprotein translocase subunit SecD  56.11 
 
 
624 aa  645    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.944586  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0979  preprotein translocase subunit SecD  56.38 
 
 
603 aa  635    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696029  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1019  preprotein translocase subunit SecD  56.41 
 
 
624 aa  646    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0540242  hitchhiker  0.000304522 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05361  preprotein translocase subunit SecD  56.56 
 
 
612 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000524  protein-export membrane protein SecD  57.5 
 
 
612 aa  622  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26477  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3572  preprotein translocase subunit SecD  56.96 
 
 
604 aa  601  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.134678  hitchhiker  0.00567873 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0633  preprotein translocase subunit SecD  55.3 
 
 
612 aa  594  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4203  preprotein translocase subunit SecD  48.2 
 
 
608 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0272  preprotein translocase subunit SecD  42.79 
 
 
617 aa  442  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.424344  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  43.21 
 
 
607 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  39.81 
 
 
614 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  41.39 
 
 
599 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  43.28 
 
 
607 aa  437  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  42.31 
 
 
620 aa  435  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  40.1 
 
 
615 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  42 
 
 
616 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  42 
 
 
616 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  42 
 
 
616 aa  432  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  41.8 
 
 
616 aa  430  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  40.13 
 
 
615 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  40.13 
 
 
615 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  41.22 
 
 
618 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2335  preprotein translocase subunit SecD  41.32 
 
 
616 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244246  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  41.84 
 
 
616 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  41.68 
 
 
616 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  41.68 
 
 
616 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  41.03 
 
 
616 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1758  preprotein translocase subunit SecD  41.24 
 
 
616 aa  424  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000231591  hitchhiker  0.0025184 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  40.47 
 
 
604 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2890  preprotein translocase subunit SecD  41.34 
 
 
616 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.703354  hitchhiker  0.000286958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  40.87 
 
 
616 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  39.17 
 
 
615 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  41.89 
 
 
616 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  38.13 
 
 
616 aa  422  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  40.7 
 
 
616 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1122  preprotein translocase subunit SecD  40.43 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276034  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  38.49 
 
 
615 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  38.63 
 
 
615 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  38.63 
 
 
615 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  38.63 
 
 
615 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  40.17 
 
 
604 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  38.63 
 
 
615 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  38.63 
 
 
615 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  38.65 
 
 
604 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  40.78 
 
 
610 aa  412  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  38.65 
 
 
604 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2700  preprotein translocase subunit SecD  41.77 
 
 
616 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.165679  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  40.47 
 
 
604 aa  411  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3095  preprotein translocase subunit SecD  39.83 
 
 
604 aa  409  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2904  preprotein translocase subunit SecD  39.41 
 
 
604 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.392926  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  39.62 
 
 
616 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0599  protein-export membrane protein SecD  37.21 
 
 
612 aa  390  1e-107  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  40.38 
 
 
618 aa  384  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  41.11 
 
 
623 aa  383  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1116  preprotein translocase subunit SecD  40.07 
 
 
624 aa  382  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.818418  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  39.48 
 
 
616 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1696  preprotein translocase subunit SecD  41.14 
 
 
618 aa  378  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  40.51 
 
 
621 aa  377  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  40.84 
 
 
622 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  34.46 
 
 
622 aa  366  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  34.46 
 
 
622 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  39.62 
 
 
620 aa  365  1e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  36.79 
 
 
618 aa  363  6e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  36.79 
 
 
618 aa  361  2e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  39.83 
 
 
620 aa  360  5e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  39.65 
 
 
620 aa  359  7e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  37.99 
 
 
622 aa  359  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  36.21 
 
 
622 aa  357  5e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  37.8 
 
 
622 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  37.48 
 
 
622 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  37.26 
 
 
626 aa  355  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  36.63 
 
 
621 aa  355  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  36.77 
 
 
681 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  37.36 
 
 
622 aa  351  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  37.61 
 
 
625 aa  350  3e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0683  preprotein translocase subunit SecD  38.1 
 
 
616 aa  350  4e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.760335  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  36.84 
 
 
625 aa  348  1e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1617  preprotein translocase subunit SecD  35.78 
 
 
618 aa  348  1e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00434823  normal  0.598494 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  37.1 
 
 
629 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  37.66 
 
 
620 aa  347  4e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  37.98 
 
 
620 aa  347  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  38.14 
 
 
620 aa  346  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  38.94 
 
 
620 aa  346  6e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  36.78 
 
 
629 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>