More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0728 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  100 
 
 		 680 aa  1383    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  35.59 
 
 		 666 aa  423  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  31.32 
 
 		 671 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  31.42 
 
 		 670 aa  249  1e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  30.81 
 
 		 659 aa  231  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  28.09 
 
 		 686 aa  227  5.0000000000000005e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  28.51 
 
 		 689 aa  218  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  28.9 
 
 		 674 aa  216  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  29.41 
 
 		 676 aa  214  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  30.51 
 
 		 671 aa  213  7e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  30.51 
 
 		 671 aa  213  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  25.97 
 
 		 683 aa  193  9e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  26.54 
 
 		 698 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  25.87 
 
 		 698 aa  190  9e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  27.94 
 
 		 680 aa  187  4e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  25.31 
 
 		 735 aa  181  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  26.98 
 
 		 735 aa  178  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  27.47 
 
 		 645 aa  161  3e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  32.53 
 
 		 706 aa  161  4e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  31.28 
 
 		 676 aa  160  5e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_002620  TC0676  VacB/Rnb family exoribonuclease  28.96 
 
 		 692 aa  157  7e-37  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  28.36 
 
 		 705 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  30.65 
 
 		 757 aa  154  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  30.73 
 
 		 751 aa  154  5e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  28.84 
 
 		 702 aa  154  5.9999999999999996e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  30.36 
 
 		 674 aa  154  5.9999999999999996e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  30.65 
 
 		 718 aa  154  7e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  30.49 
 
 		 795 aa  153  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  33.33 
 
 		 715 aa  151  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  28.12 
 
 		 709 aa  152  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  31.51 
 
 		 704 aa  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  27.36 
 
 		 683 aa  151  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  30.62 
 
 		 716 aa  150  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  30 
 
 		 788 aa  150  8e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  30.52 
 
 		 705 aa  150  8e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  30.22 
 
 		 716 aa  150  9e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  30.43 
 
 		 762 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  26.48 
 
 		 726 aa  150  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  31 
 
 		 602 aa  149  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  33.23 
 
 		 763 aa  148  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  28.91 
 
 		 750 aa  148  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  28.88 
 
 		 709 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  29.52 
 
 		 795 aa  146  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  29.77 
 
 		 863 aa  146  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  31.21 
 
 		 795 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  30.54 
 
 		 754 aa  145  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  31.57 
 
 		 761 aa  145  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  30.2 
 
 		 706 aa  145  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  29.97 
 
 		 825 aa  144  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  30.03 
 
 		 770 aa  144  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  30.27 
 
 		 814 aa  144  5e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  31 
 
 		 758 aa  144  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  30.94 
 
 		 801 aa  144  7e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  34.85 
 
 		 646 aa  144  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  31.12 
 
 		 762 aa  144  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  29.27 
 
 		 806 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  29.81 
 
 		 806 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  29 
 
 		 808 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  29 
 
 		 810 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  28.43 
 
 		 791 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  29 
 
 		 808 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  29.92 
 
 		 791 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  29 
 
 		 808 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  31.28 
 
 		 766 aa  142  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  28.99 
 
 		 708 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  29 
 
 		 806 aa  142  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  29 
 
 		 804 aa  142  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  29 
 
 		 812 aa  142  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  29.91 
 
 		 751 aa  142  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  29.91 
 
 		 737 aa  141  3.9999999999999997e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  31.72 
 
 		 710 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  31.72 
 
 		 710 aa  140  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  29.61 
 
 		 751 aa  140  7e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  28.04 
 
 		 742 aa  140  7.999999999999999e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  31.71 
 
 		 762 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  30.96 
 
 		 770 aa  140  8.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0711  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.85 
 
 		 619 aa  140  8.999999999999999e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  30.66 
 
 		 469 aa  140  8.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  29.86 
 
 		 817 aa  140  8.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  28 
 
 		 735 aa  139  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  30.21 
 
 		 694 aa  139  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  29.41 
 
 		 667 aa  140  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  29.27 
 
 		 792 aa  139  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0915  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.56 
 
 		 756 aa  139  2e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  28.25 
 
 		 762 aa  139  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  31.77 
 
 		 857 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  30.73 
 
 		 910 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  31.49 
 
 		 857 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  31.09 
 
 		 813 aa  138  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4583  Exoribonuclease II  31.67 
 
 		 601 aa  138  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  29.38 
 
 		 748 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  28.53 
 
 		 791 aa  137  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  31.67 
 
 		 755 aa  137  9e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  31.44 
 
 		 842 aa  137  9e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_43971  predicted protein  31.28 
 
 		 962 aa  136  9.999999999999999e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  30.9 
 
 		 737 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0372  ribonuclease R  29.94 
 
 		 641 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  31.39 
 
 		 1182 aa  136  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  31.02 
 
 		 886 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  29.24 
 
 		 803 aa  135  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>