More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0482 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  100 
 
 		 791 aa  1615    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  75.72 
 
 		 762 aa  1222    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  71.21 
 
 		 794 aa  1191    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  77.09 
 
 		 791 aa  1281    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  77.97 
 
 		 770 aa  1267    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  66.16 
 
 		 795 aa  1068    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  69.72 
 
 		 795 aa  1112    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  42.24 
 
 		 709 aa  528  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  40.35 
 
 		 795 aa  510  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  41.92 
 
 		 825 aa  491  1e-137  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  37.87 
 
 		 750 aa  490  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  40.79 
 
 		 751 aa  483  1e-135  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  39.88 
 
 		 705 aa  473  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  37.89 
 
 		 735 aa  465  1e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  36.83 
 
 		 788 aa  464  1e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  36.68 
 
 		 742 aa  456  1e-127  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.67 
 
 		 758 aa  451  1e-125  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  36.41 
 
 		 762 aa  452  1e-125  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  38.7 
 
 		 792 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  38.73 
 
 		 808 aa  443  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  38.73 
 
 		 806 aa  443  1e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  38.73 
 
 		 806 aa  444  1e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  38.88 
 
 		 808 aa  444  1e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  38.88 
 
 		 804 aa  444  1e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  38.73 
 
 		 810 aa  443  1e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  38.88 
 
 		 808 aa  444  1e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  39.1 
 
 		 806 aa  445  1e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  39.18 
 
 		 812 aa  443  1e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  39.31 
 
 		 814 aa  443  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  40.39 
 
 		 706 aa  443  1e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  39.46 
 
 		 716 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  39.16 
 
 		 706 aa  441  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.12 
 
 		 759 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  38.79 
 
 		 751 aa  442  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  38.94 
 
 		 751 aa  442  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.67 
 
 		 763 aa  434  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  39.88 
 
 		 702 aa  434  1e-120  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  39.06 
 
 		 757 aa  430  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  37.59 
 
 		 718 aa  426  1e-118  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  38.26 
 
 		 709 aa  427  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.26 
 
 		 752 aa  426  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  38.05 
 
 		 790 aa  429  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  38.05 
 
 		 790 aa  429  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  34.99 
 
 		 763 aa  429  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  37.52 
 
 		 792 aa  424  1e-117  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  40.06 
 
 		 863 aa  424  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  37.64 
 
 		 715 aa  425  1e-117  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  37.15 
 
 		 726 aa  417  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.63 
 
 		 770 aa  414  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  37.54 
 
 		 716 aa  408  1.0000000000000001e-112  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  39.43 
 
 		 722 aa  405  1e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.71 
 
 		 777 aa  404  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  37.52 
 
 		 737 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.02 
 
 		 903 aa  396  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  37.16 
 
 		 737 aa  394  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  33.48 
 
 		 720 aa  385  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.53 
 
 		 810 aa  384  1e-105  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  35.82 
 
 		 766 aa  380  1e-104  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  34.17 
 
 		 801 aa  379  1e-103  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  37.69 
 
 		 710 aa  378  1e-103  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  37.54 
 
 		 710 aa  377  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  32.28 
 
 		 801 aa  379  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  35.86 
 
 		 704 aa  377  1e-103  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  34.42 
 
 		 817 aa  376  1e-103  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  35.28 
 
 		 705 aa  373  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.97 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.02 
 
 		 828 aa  372  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  33.87 
 
 		 827 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  33.87 
 
 		 827 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  33.87 
 
 		 827 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  33.72 
 
 		 817 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  36.47 
 
 		 910 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  33.72 
 
 		 817 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  33.97 
 
 		 886 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  33.97 
 
 		 896 aa  365  1e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  33.97 
 
 		 896 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  33.43 
 
 		 826 aa  366  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  33.97 
 
 		 838 aa  365  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  33.97 
 
 		 812 aa  365  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  33.97 
 
 		 838 aa  365  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  33.97 
 
 		 838 aa  365  2e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  34.76 
 
 		 774 aa  365  2e-99  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  33.82 
 
 		 895 aa  364  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  35.68 
 
 		 1182 aa  364  3e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  32.35 
 
 		 833 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.8 
 
 		 758 aa  363  6e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.04 
 
 		 840 aa  363  8e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  32.34 
 
 		 810 aa  363  8e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  33.73 
 
 		 819 aa  363  9e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.16 
 
 		 870 aa  362  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  34.26 
 
 		 864 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  33.04 
 
 		 817 aa  362  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  32.98 
 
 		 833 aa  361  3e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  33.58 
 
 		 876 aa  361  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.11 
 
 		 877 aa  361  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  33.48 
 
 		 726 aa  361  4e-98  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  32.81 
 
 		 865 aa  360  5e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  33.96 
 
 		 848 aa  360  8e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  33.18 
 
 		 824 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  33.72 
 
 		 818 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>