More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0146 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  54.43 
 
 		 814 aa  773    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  53.05 
 
 		 706 aa  765    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  47.69 
 
 		 792 aa  651    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  54.04 
 
 		 806 aa  768    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  72.97 
 
 		 788 aa  1078    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  53.98 
 
 		 808 aa  768    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  54.18 
 
 		 804 aa  770    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  54.12 
 
 		 810 aa  769    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  54.18 
 
 		 806 aa  770    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  48.54 
 
 		 709 aa  662    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  50.78 
 
 		 706 aa  715    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  58.22 
 
 		 722 aa  791    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  53.98 
 
 		 808 aa  768    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  49.93 
 
 		 716 aa  669    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  49.67 
 
 		 770 aa  712    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  54.04 
 
 		 806 aa  767    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  53.98 
 
 		 808 aa  768    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  54.67 
 
 		 792 aa  758    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  61.47 
 
 		 716 aa  871    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  47.53 
 
 		 790 aa  662    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  53.32 
 
 		 762 aa  800    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  53.18 
 
 		 903 aa  723    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  47.53 
 
 		 790 aa  662    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  100 
 
 		 757 aa  1534    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  56.31 
 
 		 751 aa  799    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  55.89 
 
 		 751 aa  793    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  55.98 
 
 		 758 aa  791    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  46.73 
 
 		 705 aa  651    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  48.79 
 
 		 715 aa  676    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  54.11 
 
 		 812 aa  768    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  43.81 
 
 		 763 aa  626  1e-178  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  45.04 
 
 		 759 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  45.73 
 
 		 763 aa  588  1e-166  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  45.1 
 
 		 710 aa  587  1e-166  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  44.96 
 
 		 710 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  43.6 
 
 		 801 aa  559  1e-158  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  41.07 
 
 		 810 aa  561  1e-158  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  43.79 
 
 		 737 aa  545  1e-154  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  43.26 
 
 		 752 aa  543  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  43.6 
 
 		 751 aa  542  9.999999999999999e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  41.93 
 
 		 766 aa  541  9.999999999999999e-153  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  41.99 
 
 		 708 aa  536  1e-151  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  43.21 
 
 		 737 aa  538  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  38.78 
 
 		 720 aa  535  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  42.57 
 
 		 704 aa  530  1e-149  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  39.76 
 
 		 777 aa  526  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  42.94 
 
 		 779 aa  523  1e-147  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  43.93 
 
 		 817 aa  525  1e-147  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  42.14 
 
 		 801 aa  519  1e-146  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  42.23 
 
 		 726 aa  520  1e-146  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  38.25 
 
 		 863 aa  512  1e-144  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  41.79 
 
 		 737 aa  509  1e-143  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  41.27 
 
 		 774 aa  506  9.999999999999999e-143  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  39.81 
 
 		 819 aa  505  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  37.75 
 
 		 937 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  38.33 
 
 		 827 aa  504  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  40.8 
 
 		 838 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  39.97 
 
 		 813 aa  499  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  39.66 
 
 		 722 aa  496  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  40.14 
 
 		 836 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  38.46 
 
 		 818 aa  493  9.999999999999999e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  39.73 
 
 		 709 aa  493  9.999999999999999e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  38.45 
 
 		 1182 aa  486  1e-136  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.21 
 
 		 857 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  39.94 
 
 		 842 aa  485  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  38.29 
 
 		 857 aa  485  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.07 
 
 		 857 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  39.15 
 
 		 736 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  39.15 
 
 		 749 aa  480  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  38.71 
 
 		 840 aa  482  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.84 
 
 		 801 aa  481  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  37 
 
 		 828 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  37.86 
 
 		 859 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  40.69 
 
 		 726 aa  478  1e-133  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  40.6 
 
 		 726 aa  478  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.97 
 
 		 805 aa  478  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  36.96 
 
 		 750 aa  479  1e-133  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  38.62 
 
 		 758 aa  478  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  40.33 
 
 		 755 aa  475  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  37.22 
 
 		 834 aa  475  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  37.14 
 
 		 758 aa  475  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.91 
 
 		 813 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.91 
 
 		 813 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  36.17 
 
 		 825 aa  471  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  37.91 
 
 		 813 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.91 
 
 		 813 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  36.79 
 
 		 819 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  40.03 
 
 		 695 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  38.59 
 
 		 742 aa  470  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  37.91 
 
 		 813 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.91 
 
 		 813 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.91 
 
 		 813 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.91 
 
 		 813 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  37.22 
 
 		 876 aa  472  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  37.64 
 
 		 810 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  37.91 
 
 		 813 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  36.55 
 
 		 870 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  37.8 
 
 		 805 aa  467  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  36.98 
 
 		 803 aa  468  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  37.23 
 
 		 906 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>