More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_3125 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  45.86 
 
 		 801 aa  650    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  75.13 
 
 		 812 aa  1165    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  47.41 
 
 		 763 aa  658    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  56.8 
 
 		 792 aa  874    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  74.73 
 
 		 806 aa  1166    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  90.46 
 
 		 762 aa  1382    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  74.87 
 
 		 808 aa  1164    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  74.87 
 
 		 804 aa  1165    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  46.25 
 
 		 763 aa  657    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  74.87 
 
 		 810 aa  1163    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  74.87 
 
 		 806 aa  1167    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  54.84 
 
 		 788 aa  787    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  49.51 
 
 		 716 aa  681    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  54.18 
 
 		 722 aa  740    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  74.73 
 
 		 808 aa  1162    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  48.67 
 
 		 759 aa  662    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  74.87 
 
 		 808 aa  1164    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  75.92 
 
 		 806 aa  1169    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  51.47 
 
 		 770 aa  712    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  74.8 
 
 		 792 aa  1154    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  55.85 
 
 		 790 aa  866    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  75.13 
 
 		 814 aa  1164    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  57.06 
 
 		 903 aa  771    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  55.98 
 
 		 757 aa  753    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  55.85 
 
 		 790 aa  866    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  51.71 
 
 		 706 aa  733    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  54.35 
 
 		 751 aa  751    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  53.92 
 
 		 751 aa  748    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  52.13 
 
 		 706 aa  740    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  56.33 
 
 		 716 aa  783    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  51.86 
 
 		 715 aa  701    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  48.58 
 
 		 705 aa  673    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  52.33 
 
 		 709 aa  729    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  44.65 
 
 		 810 aa  652    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  44.94 
 
 		 774 aa  635    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  100 
 
 		 758 aa  1543    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  44.11 
 
 		 817 aa  621  1e-176  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  45.21 
 
 		 801 aa  614  9.999999999999999e-175  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  44.92 
 
 		 779 aa  612  9.999999999999999e-175  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  45.56 
 
 		 752 aa  598  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  46.44 
 
 		 737 aa  595  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  46.89 
 
 		 726 aa  587  1e-166  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  45.45 
 
 		 710 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  45.45 
 
 		 710 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  46.15 
 
 		 737 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  40.83 
 
 		 818 aa  581  1e-164  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  43.27 
 
 		 777 aa  582  1e-164  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  42.9 
 
 		 720 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  41 
 
 		 801 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  41.64 
 
 		 937 aa  572  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  42.13 
 
 		 758 aa  555  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  43.32 
 
 		 704 aa  553  1e-156  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  39.79 
 
 		 859 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  40.13 
 
 		 857 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  42.76 
 
 		 746 aa  547  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  44.28 
 
 		 766 aa  546  1e-154  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  40.05 
 
 		 840 aa  546  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  42.76 
 
 		 746 aa  547  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  40.03 
 
 		 857 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  42.82 
 
 		 755 aa  544  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  39.9 
 
 		 857 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  43.68 
 
 		 751 aa  544  1e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  43.35 
 
 		 737 aa  536  1e-151  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  38.24 
 
 		 877 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  37.83 
 
 		 828 aa  538  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  41.28 
 
 		 1055 aa  536  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  39.37 
 
 		 833 aa  535  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  41.53 
 
 		 708 aa  535  1e-150  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  39.52 
 
 		 877 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  39.5 
 
 		 834 aa  531  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  39.04 
 
 		 861 aa  531  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  40.34 
 
 		 824 aa  527  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  38.23 
 
 		 876 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  39.14 
 
 		 808 aa  528  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  39.14 
 
 		 808 aa  527  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  40.67 
 
 		 722 aa  524  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  39.56 
 
 		 819 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  38.64 
 
 		 906 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  39.24 
 
 		 826 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  38.76 
 
 		 709 aa  520  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  38.5 
 
 		 907 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  42.99 
 
 		 667 aa  519  1e-146  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  38.62 
 
 		 809 aa  521  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  40.66 
 
 		 813 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  40.66 
 
 		 813 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  39.09 
 
 		 871 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  40.66 
 
 		 813 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  39.3 
 
 		 870 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  39.67 
 
 		 812 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  39.87 
 
 		 818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  40.66 
 
 		 813 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  39.66 
 
 		 819 aa  518  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  40.66 
 
 		 813 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  40.66 
 
 		 813 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  40.66 
 
 		 813 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  39.47 
 
 		 876 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  40.66 
 
 		 813 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  40.66 
 
 		 813 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  39.62 
 
 		 812 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  39.5 
 
 		 804 aa  516  1.0000000000000001e-145  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>