More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1200 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  100 
 
 		 751 aa  1505    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  42.25 
 
 		 742 aa  589  1e-167  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  42.4 
 
 		 735 aa  586  1e-166  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  43.68 
 
 		 758 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  41.93 
 
 		 762 aa  570  1e-161  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  42.05 
 
 		 726 aa  567  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  41.37 
 
 		 709 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  42.16 
 
 		 825 aa  560  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  42.72 
 
 		 788 aa  558  1e-157  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  42.78 
 
 		 716 aa  555  1e-157  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  44.59 
 
 		 706 aa  558  1e-157  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  43.07 
 
 		 705 aa  554  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  42.14 
 
 		 795 aa  554  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  41.79 
 
 		 750 aa  555  1e-156  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  43.02 
 
 		 702 aa  547  1e-154  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  43.04 
 
 		 757 aa  548  1e-154  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  40.33 
 
 		 806 aa  539  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  40.33 
 
 		 806 aa  538  1e-151  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  40.14 
 
 		 808 aa  537  1e-151  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  40.14 
 
 		 804 aa  538  1e-151  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  40.27 
 
 		 810 aa  537  1e-151  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  40.47 
 
 		 806 aa  538  1e-151  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  40.14 
 
 		 808 aa  537  1e-151  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  40.27 
 
 		 792 aa  538  1e-151  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  41.33 
 
 		 794 aa  536  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  40.14 
 
 		 808 aa  537  1e-151  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  40.47 
 
 		 812 aa  538  1e-151  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  40.33 
 
 		 814 aa  538  1e-151  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  39.57 
 
 		 792 aa  533  1e-150  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  43.37 
 
 		 718 aa  533  1e-150  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  41.19 
 
 		 791 aa  529  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  43.73 
 
 		 770 aa  530  1e-149  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  44.21 
 
 		 715 aa  530  1e-149  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  39.57 
 
 		 790 aa  528  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  39.86 
 
 		 795 aa  526  1e-148  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  40.35 
 
 		 795 aa  527  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  39.57 
 
 		 790 aa  528  1e-148  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  42.17 
 
 		 706 aa  523  1e-147  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.79 
 
 		 762 aa  521  1e-146  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  40.79 
 
 		 791 aa  520  1e-146  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  40.51 
 
 		 770 aa  520  1e-146  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  40.65 
 
 		 709 aa  518  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  42.48 
 
 		 903 aa  514  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  39.78 
 
 		 751 aa  510  1e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  39.92 
 
 		 751 aa  511  1e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  40.39 
 
 		 766 aa  503  1e-141  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  41.63 
 
 		 722 aa  501  1e-140  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  38.79 
 
 		 810 aa  501  1e-140  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  42.96 
 
 		 863 aa  498  1e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  39.77 
 
 		 704 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  42.37 
 
 		 763 aa  489  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  42.14 
 
 		 710 aa  490  1e-137  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  40.17 
 
 		 716 aa  490  1e-137  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  42.14 
 
 		 710 aa  489  1e-137  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  40.36 
 
 		 720 aa  481  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  39.94 
 
 		 763 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.77 
 
 		 759 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  41.98 
 
 		 813 aa  462  1e-129  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  38.36 
 
 		 801 aa  463  1e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  41.32 
 
 		 777 aa  462  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  41.42 
 
 		 752 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  36.99 
 
 		 801 aa  458  1e-127  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  37.09 
 
 		 705 aa  458  1e-127  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  36.23 
 
 		 817 aa  454  1.0000000000000001e-126  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  39.33 
 
 		 737 aa  449  1e-125  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  36.4 
 
 		 779 aa  450  1e-125  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  41.18 
 
 		 737 aa  438  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  40.46 
 
 		 737 aa  437  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  37.28 
 
 		 870 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.45 
 
 		 818 aa  433  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  42.31 
 
 		 910 aa  436  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.97 
 
 		 871 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  42.37 
 
 		 857 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  36.38 
 
 		 804 aa  432  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  37.45 
 
 		 864 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  37.77 
 
 		 848 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  37.39 
 
 		 805 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  38.72 
 
 		 722 aa  423  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  35.11 
 
 		 708 aa  424  1e-117  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  42.21 
 
 		 857 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  37.13 
 
 		 840 aa  426  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  36.34 
 
 		 876 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  36.62 
 
 		 701 aa  420  1e-116  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  42.03 
 
 		 858 aa  422  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.27 
 
 		 801 aa  422  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  35.58 
 
 		 810 aa  422  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  36.21 
 
 		 861 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.06 
 
 		 857 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  37.2 
 
 		 755 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  37.67 
 
 		 758 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  38.78 
 
 		 733 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  35.92 
 
 		 857 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  35.47 
 
 		 774 aa  417  9.999999999999999e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.42 
 
 		 805 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.5 
 
 		 735 aa  412  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  37.79 
 
 		 865 aa  415  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  37.62 
 
 		 1182 aa  414  1e-114  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  36.1 
 
 		 758 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  36.87 
 
 		 726 aa  414  1e-114  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  35.62 
 
 		 859 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>