More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene OEOE_1439 on replicon NC_008528
Organism: Oenococcus oeni PSU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  52.77 
 
 		 801 aa  733    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  100 
 
 		 726 aa  1500    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  49.4 
 
 		 779 aa  637    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  55.3 
 
 		 774 aa  753    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  46.89 
 
 		 758 aa  587  1e-166  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  44.94 
 
 		 806 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  45.09 
 
 		 806 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  45.24 
 
 		 808 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  45.09 
 
 		 808 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  45.09 
 
 		 810 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  45.09 
 
 		 808 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  42.96 
 
 		 814 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  45.09 
 
 		 806 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  42.96 
 
 		 812 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  45.16 
 
 		 792 aa  580  1e-164  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  45.09 
 
 		 804 aa  582  1e-164  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  45.56 
 
 		 810 aa  578  1.0000000000000001e-163  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  45.63 
 
 		 762 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  44.35 
 
 		 792 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  43.97 
 
 		 790 aa  554  1e-156  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  43.97 
 
 		 790 aa  554  1e-156  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  40.95 
 
 		 817 aa  543  1e-153  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  41.54 
 
 		 801 aa  533  1e-150  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  41.93 
 
 		 706 aa  518  1.0000000000000001e-145  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  41.19 
 
 		 751 aa  513  1e-144  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  42.15 
 
 		 716 aa  509  1e-143  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  40.73 
 
 		 751 aa  509  1e-143  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  41.67 
 
 		 788 aa  503  1e-141  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  43.89 
 
 		 903 aa  497  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  42.23 
 
 		 757 aa  497  1e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  40.61 
 
 		 709 aa  486  1e-136  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  39.73 
 
 		 667 aa  480  1e-134  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  39.82 
 
 		 706 aa  476  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  40.81 
 
 		 770 aa  476  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  39.34 
 
 		 715 aa  472  1e-132  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  41.89 
 
 		 766 aa  473  1e-132  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  41.31 
 
 		 710 aa  467  9.999999999999999e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  41.31 
 
 		 710 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  39.61 
 
 		 705 aa  466  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  40.57 
 
 		 704 aa  460  9.999999999999999e-129  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  38.74 
 
 		 763 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  38.48 
 
 		 716 aa  450  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  39.22 
 
 		 722 aa  451  1e-125  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  38.28 
 
 		 759 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  35.91 
 
 		 763 aa  433  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.97 
 
 		 777 aa  428  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  38.95 
 
 		 737 aa  427  1e-118  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.71 
 
 		 737 aa  421  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  36.9 
 
 		 708 aa  421  1e-116  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.3 
 
 		 720 aa  416  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.53 
 
 		 737 aa  415  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  35.85 
 
 		 752 aa  412  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.45 
 
 		 818 aa  412  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  36.02 
 
 		 726 aa  405  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  36.17 
 
 		 726 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  35.61 
 
 		 819 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  35.51 
 
 		 842 aa  405  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  37.35 
 
 		 1055 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 813 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  36.65 
 
 		 857 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  33.88 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.88 
 
 		 813 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  35.86 
 
 		 857 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  35.86 
 
 		 857 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  34.18 
 
 		 812 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  36.12 
 
 		 838 aa  401  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  32.68 
 
 		 824 aa  401  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.14 
 
 		 859 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  34.18 
 
 		 812 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 813 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 813 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  35.96 
 
 		 836 aa  401  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 813 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 813 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  33.88 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  34.18 
 
 		 812 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  34.18 
 
 		 812 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  34.18 
 
 		 812 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.18 
 
 		 758 aa  397  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  35.45 
 
 		 746 aa  398  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  36.38 
 
 		 810 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  35.45 
 
 		 746 aa  398  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  33.1 
 
 		 819 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  36.61 
 
 		 805 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  35.27 
 
 		 834 aa  393  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.84 
 
 		 828 aa  395  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  34.84 
 
 		 818 aa  394  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  34.84 
 
 		 818 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.86 
 
 		 876 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  36.09 
 
 		 840 aa  394  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  36.27 
 
 		 829 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  33.65 
 
 		 819 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  32.84 
 
 		 833 aa  392  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  35.29 
 
 		 937 aa  390  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.97 
 
 		 833 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.76 
 
 		 804 aa  392  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  35.12 
 
 		 808 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  35.67 
 
 		 829 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  33.01 
 
 		 826 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>