More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1293 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  49.59 
 
 
813 aa  693    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  49.59 
 
 
813 aa  694    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  45.95 
 
 
833 aa  654    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  100 
 
 
819 aa  1668    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  48.51 
 
 
857 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  50.83 
 
 
755 aa  711    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  46.01 
 
 
871 aa  635    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  48.1 
 
 
817 aa  644    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  49.59 
 
 
812 aa  689    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  48.25 
 
 
736 aa  674    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  48.11 
 
 
877 aa  670    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  49.45 
 
 
813 aa  691    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  49.93 
 
 
812 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  76.72 
 
 
838 aa  1163    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  47.43 
 
 
812 aa  635    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  48.33 
 
 
726 aa  679    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  48.47 
 
 
726 aa  679    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  48.38 
 
 
877 aa  675    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  46.18 
 
 
746 aa  635    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  48.04 
 
 
805 aa  664    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  47.16 
 
 
870 aa  647    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  48.88 
 
 
758 aa  687    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  77.02 
 
 
836 aa  1170    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  49.79 
 
 
812 aa  690    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  46.79 
 
 
896 aa  642    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  50.14 
 
 
722 aa  707    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  48.25 
 
 
876 aa  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  48.97 
 
 
824 aa  684    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  49.59 
 
 
813 aa  692    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  46.55 
 
 
828 aa  643    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  49.03 
 
 
803 aa  693    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  49.93 
 
 
812 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  48.26 
 
 
818 aa  683    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  47.08 
 
 
818 aa  726    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  48.64 
 
 
844 aa  674    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  49.93 
 
 
735 aa  688    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  49.72 
 
 
842 aa  677    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  49.59 
 
 
813 aa  692    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  48.64 
 
 
844 aa  674    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  46.79 
 
 
895 aa  642    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  46.77 
 
 
834 aa  662    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  48.65 
 
 
861 aa  674    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  46.79 
 
 
838 aa  642    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  49.59 
 
 
813 aa  694    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  49.15 
 
 
937 aa  716    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  48.98 
 
 
815 aa  674    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  48.51 
 
 
857 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  49.53 
 
 
840 aa  709    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  48.26 
 
 
1055 aa  677    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  46.15 
 
 
817 aa  635    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  47.79 
 
 
801 aa  661    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  46.79 
 
 
896 aa  642    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  49.93 
 
 
812 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  46.89 
 
 
876 aa  640    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  50 
 
 
822 aa  671    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  49.59 
 
 
813 aa  692    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  44.91 
 
 
833 aa  639    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  47.28 
 
 
828 aa  675    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  46.18 
 
 
746 aa  635    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  48.24 
 
 
827 aa  644    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  48.64 
 
 
844 aa  674    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  45.63 
 
 
810 aa  655    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  47.29 
 
 
821 aa  664    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  49.04 
 
 
819 aa  687    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  49.06 
 
 
859 aa  681    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  49.59 
 
 
813 aa  692    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  47.12 
 
 
804 aa  660    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  73.56 
 
 
842 aa  1237    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  49.86 
 
 
758 aa  714    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  48.86 
 
 
818 aa  694    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  49.03 
 
 
829 aa  671    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  48.1 
 
 
817 aa  644    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  49.46 
 
 
907 aa  678    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  49.05 
 
 
828 aa  679    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  46.79 
 
 
838 aa  642    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  46.96 
 
 
830 aa  660    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  49.32 
 
 
906 aa  679    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  48.39 
 
 
749 aa  674    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  48.64 
 
 
857 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  48.24 
 
 
827 aa  644    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  48.24 
 
 
827 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  46.79 
 
 
886 aa  642    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  46.79 
 
 
838 aa  642    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  49.59 
 
 
813 aa  693    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  47.73 
 
 
834 aa  661    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  44.91 
 
 
826 aa  634  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  46.68 
 
 
833 aa  633  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  46.68 
 
 
833 aa  634  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  46.35 
 
 
826 aa  631  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  47.43 
 
 
817 aa  631  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  45.29 
 
 
824 aa  631  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  44.9 
 
 
819 aa  630  1e-179  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  44.92 
 
 
808 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  44.86 
 
 
808 aa  623  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  44.97 
 
 
864 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  47.43 
 
 
818 aa  622  1e-177  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  45.42 
 
 
805 aa  623  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  44.65 
 
 
808 aa  624  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  46.23 
 
 
829 aa  624  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  44.65 
 
 
809 aa  622  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>