More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0643 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  53.63 
 
 		 813 aa  816    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  53.63 
 
 		 813 aa  818    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  47.51 
 
 		 771 aa  638    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  48.77 
 
 		 864 aa  719    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  76.54 
 
 		 857 aa  1346    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  50 
 
 		 824 aa  818    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  53.63 
 
 		 813 aa  815    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  57.9 
 
 		 755 aa  857    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  50.47 
 
 		 871 aa  733    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  53.76 
 
 		 812 aa  815    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  51.71 
 
 		 826 aa  747    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  49.64 
 
 		 834 aa  794    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  49.87 
 
 		 827 aa  729    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  51 
 
 		 807 aa  807    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  52.24 
 
 		 808 aa  798    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  76.3 
 
 		 877 aa  1371    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  47.72 
 
 		 838 aa  659    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  49.6 
 
 		 817 aa  724    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  49.39 
 
 		 842 aa  744    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  53.76 
 
 		 812 aa  814    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  49.87 
 
 		 812 aa  723    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  52.96 
 
 		 726 aa  766    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  53.09 
 
 		 726 aa  767    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  76.73 
 
 		 877 aa  1377    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  53.76 
 
 		 812 aa  815    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  51.84 
 
 		 805 aa  773    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  50.39 
 
 		 870 aa  748    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  52.55 
 
 		 758 aa  783    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  77.27 
 
 		 859 aa  1336    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  45.57 
 
 		 764 aa  649    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  49.28 
 
 		 896 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  55.66 
 
 		 722 aa  839    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  78.13 
 
 		 876 aa  1394    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  51.42 
 
 		 807 aa  800    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  47.25 
 
 		 842 aa  669    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  49.87 
 
 		 828 aa  730    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  52.99 
 
 		 844 aa  807    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  100 
 
 		 828 aa  1702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  47.41 
 
 		 833 aa  721    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  50.99 
 
 		 828 aa  796    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  50.93 
 
 		 818 aa  786    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  47.36 
 
 		 817 aa  728    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  57.29 
 
 		 815 aa  886    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  53.9 
 
 		 812 aa  817    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  55.17 
 
 		 735 aa  826    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1983  exoribonuclease II  44.72 
 
 		 744 aa  637    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0944364 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  47.58 
 
 		 836 aa  658    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  46.22 
 
 		 865 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  49.54 
 
 		 895 aa  726    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  53.63 
 
 		 813 aa  815    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  49.8 
 
 		 818 aa  719    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  49.28 
 
 		 838 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  54.81 
 
 		 736 aa  827    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  44.68 
 
 		 746 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  57.59 
 
 		 937 aa  931    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  53.63 
 
 		 813 aa  815    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  76.54 
 
 		 857 aa  1346    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  52.43 
 
 		 840 aa  791    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  53.63 
 
 		 813 aa  814    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  49.4 
 
 		 833 aa  720    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  50.36 
 
 		 817 aa  810    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  52.84 
 
 		 821 aa  797    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  59.18 
 
 		 801 aa  908    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  50.72 
 
 		 824 aa  812    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  52.55 
 
 		 805 aa  770    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  53.76 
 
 		 812 aa  815    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  47.24 
 
 		 876 aa  747    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  46 
 
 		 749 aa  687    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  76.5 
 
 		 857 aa  1345    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  53.06 
 
 		 830 aa  783    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  49.28 
 
 		 838 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  49.28 
 
 		 896 aa  724    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  49.87 
 
 		 827 aa  729    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  47.28 
 
 		 819 aa  675    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  49.64 
 
 		 810 aa  770    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  50.59 
 
 		 833 aa  817    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  50.06 
 
 		 880 aa  800    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  51.55 
 
 		 807 aa  802    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  53.63 
 
 		 813 aa  815    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  50.31 
 
 		 826 aa  803    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  48.08 
 
 		 804 aa  767    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  51.15 
 
 		 746 aa  754    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  50.61 
 
 		 808 aa  812    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  50.61 
 
 		 808 aa  812    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  52.69 
 
 		 758 aa  754    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  50.98 
 
 		 829 aa  812    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  50.85 
 
 		 819 aa  805    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  49.28 
 
 		 886 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  46.85 
 
 		 817 aa  726    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  69.26 
 
 		 907 aa  1246    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  51.55 
 
 		 807 aa  802    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  49.28 
 
 		 838 aa  724    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  69.55 
 
 		 906 aa  1253    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  50.18 
 
 		 833 aa  811    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  52.99 
 
 		 844 aa  807    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  54.68 
 
 		 749 aa  826    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  49.87 
 
 		 827 aa  729    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  49.76 
 
 		 809 aa  811    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  50.43 
 
 		 808 aa  759    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  52.99 
 
 		 844 aa  807    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>