More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1303 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  51.71 
 
 		 801 aa  754    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  49.4 
 
 		 726 aa  658    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  100 
 
 		 779 aa  1615    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  46.49 
 
 		 774 aa  661    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  45.07 
 
 		 758 aa  634  1e-180  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  44.04 
 
 		 810 aa  635  1e-180  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  43.8 
 
 		 762 aa  630  1e-179  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  46.66 
 
 		 817 aa  618  1e-175  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  42.65 
 
 		 806 aa  611  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  42.51 
 
 		 804 aa  608  1e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  42.38 
 
 		 806 aa  609  1e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  42.38 
 
 		 806 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  42.51 
 
 		 808 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  42.38 
 
 		 810 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  42.51 
 
 		 808 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  42.38 
 
 		 808 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  42.24 
 
 		 812 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  42.38 
 
 		 814 aa  607  9.999999999999999e-173  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  42.66 
 
 		 792 aa  600  1e-170  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  43.64 
 
 		 792 aa  598  1e-169  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  43.39 
 
 		 801 aa  593  1e-168  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  42.04 
 
 		 790 aa  593  1e-168  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  42.04 
 
 		 790 aa  593  1e-168  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  43.51 
 
 		 716 aa  570  1e-161  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  44.61 
 
 		 751 aa  553  1e-156  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  44.46 
 
 		 751 aa  551  1e-155  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  42.58 
 
 		 716 aa  548  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  43.8 
 
 		 788 aa  534  1e-150  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  44.46 
 
 		 709 aa  532  1e-149  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  43.22 
 
 		 757 aa  528  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  40.5 
 
 		 706 aa  514  1e-144  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  43.09 
 
 		 722 aa  511  1e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  40.42 
 
 		 705 aa  503  1e-141  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  41.5 
 
 		 903 aa  499  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  40.17 
 
 		 706 aa  496  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  39.13 
 
 		 770 aa  486  1e-136  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  39.52 
 
 		 667 aa  486  1e-136  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  39.64 
 
 		 710 aa  485  1e-135  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  40.32 
 
 		 710 aa  483  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.76 
 
 		 759 aa  484  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  41.73 
 
 		 766 aa  482  1e-135  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  37.88 
 
 		 763 aa  473  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  38.7 
 
 		 763 aa  475  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  41.73 
 
 		 704 aa  468  9.999999999999999e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  38.49 
 
 		 737 aa  462  9.999999999999999e-129  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  38.25 
 
 		 715 aa  461  9.999999999999999e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.78 
 
 		 720 aa  450  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  36.58 
 
 		 828 aa  450  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.59 
 
 		 752 aa  451  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  37.62 
 
 		 857 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  37.93 
 
 		 857 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  37.78 
 
 		 857 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  36.92 
 
 		 876 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  36.43 
 
 		 751 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  37.64 
 
 		 859 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  38.47 
 
 		 737 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  37.3 
 
 		 777 aa  439  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.94 
 
 		 805 aa  437  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  38.62 
 
 		 737 aa  438  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  35.12 
 
 		 801 aa  437  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.81 
 
 		 937 aa  433  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.96 
 
 		 861 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  35.43 
 
 		 877 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.63 
 
 		 877 aa  429  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  38.9 
 
 		 708 aa  426  1e-118  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  35.68 
 
 		 906 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  37.55 
 
 		 1055 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  35.82 
 
 		 907 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  37.06 
 
 		 857 aa  425  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  36.32 
 
 		 810 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  36.75 
 
 		 858 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  36.54 
 
 		 824 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  35.96 
 
 		 808 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  35.99 
 
 		 829 aa  422  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  36.72 
 
 		 805 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.75 
 
 		 818 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  35.32 
 
 		 817 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  35.68 
 
 		 808 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  35.24 
 
 		 809 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  35.61 
 
 		 808 aa  414  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.63 
 
 		 758 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  36.38 
 
 		 833 aa  416  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  35.59 
 
 		 830 aa  412  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  35.68 
 
 		 808 aa  412  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  34.74 
 
 		 807 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.58 
 
 		 735 aa  409  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  36.51 
 
 		 815 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.6 
 
 		 826 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  34.94 
 
 		 807 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  34.94 
 
 		 807 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  37.84 
 
 		 770 aa  409  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  36.32 
 
 		 726 aa  406  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  34.81 
 
 		 807 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  34.94 
 
 		 807 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  35.43 
 
 		 819 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  36.6 
 
 		 857 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  35.66 
 
 		 755 aa  405  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  34.69 
 
 		 834 aa  405  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  36.17 
 
 		 726 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.27 
 
 		 1182 aa  405  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>