More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1342 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  100 
 
 		 667 aa  1372    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  45.45 
 
 		 817 aa  585  1e-166  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  45.97 
 
 		 810 aa  581  1e-164  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  44.68 
 
 		 801 aa  565  1.0000000000000001e-159  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  42.99 
 
 		 758 aa  520  1e-146  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  42.77 
 
 		 762 aa  520  1e-146  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  41.74 
 
 		 806 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  41.9 
 
 		 808 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  41.9 
 
 		 804 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  41.9 
 
 		 810 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  41.9 
 
 		 808 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  41.9 
 
 		 806 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  42.05 
 
 		 814 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  42.05 
 
 		 812 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  41.9 
 
 		 808 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  41.38 
 
 		 801 aa  503  1e-141  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  41.9 
 
 		 806 aa  504  1e-141  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  42.05 
 
 		 792 aa  499  1e-140  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  40.85 
 
 		 792 aa  490  1e-137  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  41.24 
 
 		 774 aa  483  1e-135  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  40.4 
 
 		 790 aa  479  1e-134  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  40.4 
 
 		 790 aa  479  1e-134  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  39.7 
 
 		 726 aa  481  1e-134  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  39.52 
 
 		 779 aa  462  9.999999999999999e-129  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  39.32 
 
 		 716 aa  451  1e-125  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.88 
 
 		 706 aa  443  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  39.75 
 
 		 751 aa  444  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  39.59 
 
 		 751 aa  441  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  38.84 
 
 		 706 aa  432  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.09 
 
 		 788 aa  432  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  40.46 
 
 		 716 aa  430  1e-119  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  38.64 
 
 		 757 aa  423  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  38.27 
 
 		 710 aa  421  1e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  38.11 
 
 		 710 aa  420  1e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  39.2 
 
 		 903 aa  417  9.999999999999999e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  36.32 
 
 		 705 aa  409  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.68 
 
 		 763 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  36.7 
 
 		 709 aa  405  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  38.01 
 
 		 766 aa  404  1e-111  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.94 
 
 		 759 aa  404  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  37.8 
 
 		 763 aa  405  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  35.99 
 
 		 715 aa  405  1e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  37.91 
 
 		 704 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  38.37 
 
 		 722 aa  402  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.2 
 
 		 752 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  34.64 
 
 		 709 aa  392  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  36.02 
 
 		 737 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  35.71 
 
 		 737 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  36.08 
 
 		 737 aa  383  1e-105  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  34.67 
 
 		 708 aa  382  1e-104  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.64 
 
 		 720 aa  382  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  35.09 
 
 		 770 aa  380  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  34.69 
 
 		 827 aa  382  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.69 
 
 		 818 aa  379  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  35.21 
 
 		 910 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.87 
 
 		 777 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  35.68 
 
 		 857 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  35.43 
 
 		 858 aa  368  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.28 
 
 		 840 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  33.59 
 
 		 702 aa  363  7.0000000000000005e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  35.87 
 
 		 750 aa  362  8e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  33.33 
 
 		 813 aa  361  2e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  34.39 
 
 		 742 aa  360  6e-98  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  34.09 
 
 		 751 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  35.44 
 
 		 857 aa  353  4e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  32.84 
 
 		 795 aa  352  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  33.9 
 
 		 1055 aa  351  3e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  32.63 
 
 		 795 aa  350  7e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.05 
 
 		 735 aa  349  8e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  34.29 
 
 		 746 aa  347  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  34.29 
 
 		 746 aa  347  3e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0063  ribonuclease R  34.28 
 
 		 721 aa  346  7e-94  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  33.18 
 
 		 863 aa  344  2.9999999999999997e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  33.83 
 
 		 801 aa  344  4e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  33.63 
 
 		 825 aa  343  7e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.36 
 
 		 758 aa  342  1e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  32.6 
 
 		 762 aa  342  1e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  31.43 
 
 		 770 aa  342  2e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  33.72 
 
 		 857 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  33.29 
 
 		 876 aa  339  8e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  33.82 
 
 		 848 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  33.82 
 
 		 864 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  33.29 
 
 		 871 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  33.77 
 
 		 733 aa  337  5e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  32.79 
 
 		 1182 aa  336  7.999999999999999e-91  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.19 
 
 		 870 aa  335  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  32.78 
 
 		 735 aa  334  3e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  34.35 
 
 		 795 aa  333  8e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  33.28 
 
 		 906 aa  333  9e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  32.83 
 
 		 770 aa  332  1e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  32.14 
 
 		 794 aa  332  1e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  31.93 
 
 		 791 aa  331  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  33.13 
 
 		 805 aa  332  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  33.85 
 
 		 803 aa  332  2e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  32.24 
 
 		 937 aa  331  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.33 
 
 		 828 aa  331  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  32.79 
 
 		 791 aa  331  3e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  31.73 
 
 		 838 aa  330  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  31.73 
 
 		 838 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  31.73 
 
 		 896 aa  330  4e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>