More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2699 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  64.53 
 
 
763 aa  987    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  46.96 
 
 
762 aa  647    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  48.11 
 
 
720 aa  677    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  65.85 
 
 
759 aa  968    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  56.11 
 
 
752 aa  817    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  100 
 
 
763 aa  1549    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  48.51 
 
 
758 aa  652    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  61.63 
 
 
737 aa  914    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  61.9 
 
 
737 aa  916    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  57.29 
 
 
777 aa  860    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  43.8 
 
 
806 aa  619  1e-176  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  44.06 
 
 
812 aa  620  1e-176  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  44.06 
 
 
808 aa  619  1e-176  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  44.06 
 
 
804 aa  620  1e-176  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  44.06 
 
 
808 aa  619  1e-176  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  44.2 
 
 
806 aa  621  1e-176  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  43.8 
 
 
810 aa  617  1e-175  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  47.43 
 
 
716 aa  617  1e-175  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  43.8 
 
 
806 aa  618  1e-175  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  43.93 
 
 
808 aa  618  1e-175  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  43.93 
 
 
814 aa  618  1e-175  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  44.2 
 
 
792 aa  614  9.999999999999999e-175  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  45.95 
 
 
706 aa  612  9.999999999999999e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  45.17 
 
 
751 aa  598  1e-169  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  43.81 
 
 
706 aa  592  1e-168  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  44.89 
 
 
751 aa  594  1e-168  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  41.63 
 
 
788 aa  588  1e-166  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  44.95 
 
 
722 aa  588  1e-166  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  42.26 
 
 
790 aa  567  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  42.26 
 
 
790 aa  567  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  41.68 
 
 
792 aa  565  1.0000000000000001e-159  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  43.99 
 
 
709 aa  564  1.0000000000000001e-159  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  43.53 
 
 
770 aa  562  1e-158  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  41.38 
 
 
758 aa  556  1e-157  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  45.19 
 
 
903 aa  558  1e-157  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  43.17 
 
 
1055 aa  556  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  39.51 
 
 
870 aa  553  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  42.59 
 
 
735 aa  554  1e-156  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  42.82 
 
 
804 aa  553  1e-156  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  45.73 
 
 
757 aa  555  1e-156  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  41.95 
 
 
722 aa  549  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  41.41 
 
 
840 aa  551  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  39.13 
 
 
876 aa  552  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  42.25 
 
 
715 aa  544  1e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  40.23 
 
 
827 aa  543  1e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  42.31 
 
 
755 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  42.47 
 
 
805 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  40.96 
 
 
838 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  40.96 
 
 
886 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  40.96 
 
 
838 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  40.96 
 
 
812 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  40.96 
 
 
896 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  41.64 
 
 
827 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  40.96 
 
 
896 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  41.64 
 
 
827 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  40.96 
 
 
838 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  41.64 
 
 
827 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  41.51 
 
 
817 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  40.96 
 
 
895 aa  535  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  41.51 
 
 
817 aa  534  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  42.27 
 
 
834 aa  531  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  41.23 
 
 
828 aa  532  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  40.87 
 
 
821 aa  529  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  41.42 
 
 
815 aa  528  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  39.23 
 
 
848 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  39.19 
 
 
907 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  39.06 
 
 
864 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  40.08 
 
 
871 aa  525  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  38.36 
 
 
828 aa  523  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  40.54 
 
 
937 aa  524  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  39.53 
 
 
817 aa  524  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  40.47 
 
 
833 aa  525  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  39.22 
 
 
906 aa  525  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  41.64 
 
 
818 aa  524  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  41.33 
 
 
829 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  40.62 
 
 
857 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  40.47 
 
 
826 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  40.62 
 
 
834 aa  520  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  39.04 
 
 
801 aa  520  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  41.77 
 
 
736 aa  519  1e-146  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  42.33 
 
 
830 aa  522  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  40.63 
 
 
817 aa  521  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  40.34 
 
 
857 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  40.06 
 
 
859 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  39.14 
 
 
833 aa  518  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  42.13 
 
 
749 aa  516  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  40 
 
 
818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  40.56 
 
 
824 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  42.86 
 
 
808 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.08 
 
 
833 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  40.59 
 
 
716 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  38.97 
 
 
808 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  38.97 
 
 
808 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  40.34 
 
 
857 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  41.1 
 
 
809 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  41.63 
 
 
813 aa  512  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  40.51 
 
 
808 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  40.22 
 
 
833 aa  515  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  38.87 
 
 
861 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  41.63 
 
 
813 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>