More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0280 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  46.59 
 
 		 806 aa  641    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  46.73 
 
 		 806 aa  643    Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  46.59 
 
 		 808 aa  640    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  46.59 
 
 		 804 aa  640    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  47.08 
 
 		 788 aa  645    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  46.73 
 
 		 810 aa  641    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  47.3 
 
 		 792 aa  639    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  46.59 
 
 		 808 aa  640    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  46.59 
 
 		 808 aa  640    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  49.65 
 
 		 770 aa  663    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  46.45 
 
 		 812 aa  638    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  46.45 
 
 		 814 aa  639    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  46.73 
 
 		 806 aa  642    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  47.29 
 
 		 762 aa  667    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  100 
 
 		 705 aa  1436    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  48.58 
 
 		 758 aa  673    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  46.73 
 
 		 716 aa  634  1e-180  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  45.63 
 
 		 709 aa  627  1e-178  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  45.25 
 
 		 751 aa  622  1e-177  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  46.48 
 
 		 715 aa  618  1e-176  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  46.88 
 
 		 706 aa  621  1e-176  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  45.11 
 
 		 751 aa  619  1e-176  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  46.16 
 
 		 757 aa  617  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  45.13 
 
 		 722 aa  585  1e-166  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  44.35 
 
 		 706 aa  587  1e-166  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  43.93 
 
 		 903 aa  579  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  42.09 
 
 		 790 aa  567  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  42.09 
 
 		 790 aa  567  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  41.95 
 
 		 792 aa  562  1.0000000000000001e-159  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  42.43 
 
 		 716 aa  541  9.999999999999999e-153  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  40.54 
 
 		 759 aa  521  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  40.44 
 
 		 763 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  40.48 
 
 		 801 aa  504  1e-141  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  38.93 
 
 		 708 aa  502  1e-140  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  39.35 
 
 		 763 aa  496  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  39.46 
 
 		 720 aa  496  1e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  40.59 
 
 		 704 aa  487  1e-136  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  39.33 
 
 		 810 aa  488  1e-136  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  39.86 
 
 		 766 aa  484  1e-135  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  40.42 
 
 		 779 aa  482  1e-134  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  38.89 
 
 		 777 aa  478  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  38.08 
 
 		 752 aa  473  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  39.43 
 
 		 737 aa  474  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  41.74 
 
 		 710 aa  472  1.0000000000000001e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  41.74 
 
 		 710 aa  472  1.0000000000000001e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  39.59 
 
 		 817 aa  470  1.0000000000000001e-131  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  39.61 
 
 		 726 aa  466  9.999999999999999e-131  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  41.09 
 
 		 774 aa  466  9.999999999999999e-131  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  38.53 
 
 		 737 aa  465  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  34.55 
 
 		 827 aa  465  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  38.71 
 
 		 1182 aa  463  1e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  36.32 
 
 		 736 aa  456  1e-127  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  36.32 
 
 		 749 aa  456  1e-127  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  39.72 
 
 		 801 aa  454  1.0000000000000001e-126  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  36.99 
 
 		 857 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.99 
 
 		 857 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.64 
 
 		 859 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.85 
 
 		 857 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.65 
 
 		 937 aa  447  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.92 
 
 		 801 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  39.16 
 
 		 737 aa  446  1.0000000000000001e-124  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  39.33 
 
 		 695 aa  446  1e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.6 
 
 		 818 aa  442  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  34.7 
 
 		 709 aa  443  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.31 
 
 		 1055 aa  441  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  36.36 
 
 		 722 aa  442  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  37.25 
 
 		 803 aa  440  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  36.11 
 
 		 828 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.98 
 
 		 840 aa  437  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.39 
 
 		 813 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.39 
 
 		 813 aa  434  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  36.63 
 
 		 755 aa  433  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.39 
 
 		 813 aa  435  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.51 
 
 		 805 aa  432  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  37.39 
 
 		 813 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  37.39 
 
 		 813 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.39 
 
 		 813 aa  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.39 
 
 		 813 aa  435  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.39 
 
 		 813 aa  434  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  37.39 
 
 		 813 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.34 
 
 		 861 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  36.03 
 
 		 819 aa  430  1e-119  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  36.05 
 
 		 758 aa  431  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.97 
 
 		 812 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  36.01 
 
 		 834 aa  426  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.97 
 
 		 812 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.64 
 
 		 876 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.97 
 
 		 812 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  37.09 
 
 		 751 aa  426  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.83 
 
 		 812 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.64 
 
 		 870 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.6 
 
 		 735 aa  425  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.83 
 
 		 812 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  36.14 
 
 		 834 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  36.47 
 
 		 833 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  37.16 
 
 		 726 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.16 
 
 		 877 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  33.8 
 
 		 742 aa  416  9.999999999999999e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  34.92 
 
 		 906 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  36.27 
 
 		 824 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>