More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1095 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  100 
 
 
701 aa  1401    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  45.58 
 
 
694 aa  567  1e-160  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  39.43 
 
 
763 aa  501  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  39.09 
 
 
762 aa  487  1e-136  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  40.2 
 
 
763 aa  485  1e-135  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.09 
 
 
759 aa  482  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  38.94 
 
 
737 aa  479  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  38.95 
 
 
758 aa  480  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  38.76 
 
 
752 aa  480  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  41.7 
 
 
716 aa  474  1e-132  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  38.79 
 
 
737 aa  474  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  37.25 
 
 
777 aa  475  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  38.65 
 
 
806 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  38.51 
 
 
806 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  38.51 
 
 
808 aa  469  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  38.51 
 
 
804 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  38.36 
 
 
810 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  38.51 
 
 
808 aa  469  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  38.51 
 
 
808 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  38.36 
 
 
806 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  38.73 
 
 
715 aa  468  9.999999999999999e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  38.18 
 
 
812 aa  469  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  38.07 
 
 
814 aa  462  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  39.72 
 
 
751 aa  459  9.999999999999999e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  37.66 
 
 
792 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  36.41 
 
 
861 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  38.87 
 
 
1055 aa  459  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  39.58 
 
 
751 aa  457  1e-127  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  38.84 
 
 
758 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  36.53 
 
 
906 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.69 
 
 
706 aa  451  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  36.81 
 
 
907 aa  452  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.54 
 
 
857 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.54 
 
 
857 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  36.4 
 
 
857 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  36.58 
 
 
840 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  36.49 
 
 
877 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  37.75 
 
 
749 aa  445  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  36.04 
 
 
720 aa  442  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.45 
 
 
735 aa  445  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  37.75 
 
 
736 aa  445  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  35.99 
 
 
859 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  35.8 
 
 
828 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  36.35 
 
 
877 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  37.61 
 
 
755 aa  436  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  36.3 
 
 
876 aa  438  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  40.37 
 
 
722 aa  437  1e-121  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.55 
 
 
871 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.5 
 
 
864 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  38.57 
 
 
710 aa  432  1e-120  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  37.36 
 
 
788 aa  434  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  35.92 
 
 
838 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  35.92 
 
 
812 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  35.92 
 
 
896 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  35.94 
 
 
722 aa  431  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  35.88 
 
 
828 aa  432  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  36.56 
 
 
818 aa  430  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  35.92 
 
 
838 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  35.78 
 
 
895 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  35.92 
 
 
896 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.71 
 
 
937 aa  431  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  35.92 
 
 
886 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  35.92 
 
 
838 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  35.37 
 
 
848 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  38.57 
 
 
710 aa  432  1e-119  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  36.57 
 
 
815 aa  428  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.61 
 
 
827 aa  429  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.19 
 
 
801 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  35.61 
 
 
827 aa  429  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  36.11 
 
 
810 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  35.33 
 
 
817 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.61 
 
 
827 aa  429  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.37 
 
 
870 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  34.77 
 
 
827 aa  422  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  35.33 
 
 
817 aa  426  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  36.24 
 
 
810 aa  423  1e-117  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  37.13 
 
 
805 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.1 
 
 
876 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  40.22 
 
 
757 aa  420  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  34.42 
 
 
817 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.34 
 
 
805 aa  418  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  36.15 
 
 
807 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  35.78 
 
 
792 aa  413  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  36.15 
 
 
807 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  36.15 
 
 
807 aa  414  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.16 
 
 
826 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  36.15 
 
 
807 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  36.66 
 
 
834 aa  415  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  33.83 
 
 
833 aa  415  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.68 
 
 
706 aa  413  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.61 
 
 
833 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  36.15 
 
 
807 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  35.8 
 
 
824 aa  415  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  35.81 
 
 
746 aa  412  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  35.81 
 
 
746 aa  412  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  35.58 
 
 
817 aa  409  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  35.92 
 
 
819 aa  412  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  34.88 
 
 
833 aa  412  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  35.01 
 
 
818 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  35.49 
 
 
790 aa  406  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>