More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3671 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  100 
 
 		 705 aa  1459    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  48.75 
 
 		 709 aa  629  1e-179  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  47.96 
 
 		 750 aa  617  1e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  47.21 
 
 		 795 aa  605  9.999999999999999e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  46.94 
 
 		 742 aa  607  9.999999999999999e-173  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  48.03 
 
 		 702 aa  600  1e-170  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  44.35 
 
 		 825 aa  570  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  44.53 
 
 		 726 aa  558  1e-158  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  43.98 
 
 		 735 aa  552  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  43.74 
 
 		 718 aa  541  9.999999999999999e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  43.07 
 
 		 751 aa  521  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  39.82 
 
 		 791 aa  485  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  39.31 
 
 		 795 aa  478  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  39.88 
 
 		 791 aa  473  1e-132  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.15 
 
 		 762 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  38.79 
 
 		 794 aa  467  9.999999999999999e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  37.52 
 
 		 762 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  36.61 
 
 		 814 aa  457  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  36.87 
 
 		 792 aa  456  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  36.57 
 
 		 812 aa  457  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  36.47 
 
 		 806 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.18 
 
 		 806 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  36.42 
 
 		 808 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.42 
 
 		 808 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.42 
 
 		 804 aa  455  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  36.47 
 
 		 810 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.42 
 
 		 808 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  39.35 
 
 		 795 aa  452  1.0000000000000001e-126  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  38.24 
 
 		 706 aa  452  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  38.59 
 
 		 758 aa  449  1e-125  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.39 
 
 		 806 aa  451  1e-125  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  37.07 
 
 		 770 aa  451  1e-125  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  36.57 
 
 		 792 aa  448  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  38.13 
 
 		 716 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  37.33 
 
 		 790 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  37.33 
 
 		 790 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  37.38 
 
 		 752 aa  434  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  37.27 
 
 		 716 aa  429  1e-119  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  38.7 
 
 		 709 aa  428  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  39.26 
 
 		 751 aa  428  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  39.26 
 
 		 751 aa  428  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.71 
 
 		 706 aa  422  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  35.23 
 
 		 788 aa  418  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.64 
 
 		 777 aa  416  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.54 
 
 		 759 aa  409  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  36.2 
 
 		 757 aa  410  1e-113  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  35.22 
 
 		 863 aa  409  1e-113  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  36.96 
 
 		 903 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  35.55 
 
 		 705 aa  408  1.0000000000000001e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  35.38 
 
 		 763 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  36.11 
 
 		 770 aa  405  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.91 
 
 		 813 aa  403  1e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  35.66 
 
 		 704 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.41 
 
 		 818 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  33.95 
 
 		 763 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  36.78 
 
 		 766 aa  395  1e-108  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  35.63 
 
 		 715 aa  394  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  34.14 
 
 		 708 aa  389  1e-107  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  37.69 
 
 		 722 aa  391  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  35.24 
 
 		 726 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  35.24 
 
 		 726 aa  385  1e-105  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.05 
 
 		 758 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  33.84 
 
 		 842 aa  380  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  33.33 
 
 		 810 aa  382  1e-104  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  35.05 
 
 		 736 aa  376  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  33.28 
 
 		 720 aa  376  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  35.57 
 
 		 749 aa  376  1e-103  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  32.88 
 
 		 859 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  34.52 
 
 		 758 aa  378  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  34.74 
 
 		 755 aa  373  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  34.37 
 
 		 836 aa  373  1e-102  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  34 
 
 		 819 aa  375  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  36.52 
 
 		 737 aa  371  1e-101  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.43 
 
 		 735 aa  371  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  32.67 
 
 		 770 aa  372  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  34.59 
 
 		 1055 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.96 
 
 		 1182 aa  370  1e-101  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  34.57 
 
 		 737 aa  371  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  34.16 
 
 		 910 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  34.93 
 
 		 710 aa  368  1e-100  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  32.55 
 
 		 857 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  35.21 
 
 		 695 aa  366  1e-100  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  34.52 
 
 		 737 aa  368  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  34.22 
 
 		 870 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  34.93 
 
 		 710 aa  367  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  32.42 
 
 		 857 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  35.15 
 
 		 858 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  34.79 
 
 		 857 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  34.06 
 
 		 838 aa  366  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  33.88 
 
 		 726 aa  368  1e-100  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  32.15 
 
 		 833 aa  365  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  32.23 
 
 		 801 aa  365  1e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  33.29 
 
 		 821 aa  365  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  32.14 
 
 		 857 aa  363  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  33.7 
 
 		 733 aa  363  7.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  32.77 
 
 		 865 aa  363  7.0000000000000005e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.43 
 
 		 840 aa  363  8e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  32.42 
 
 		 937 aa  362  1e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  34.2 
 
 		 801 aa  362  2e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  33.63 
 
 		 805 aa  361  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>