More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3289 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  60.27 
 
 
813 aa  940    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  60.41 
 
 
813 aa  942    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  59.46 
 
 
812 aa  952    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  59.59 
 
 
812 aa  953    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  52.64 
 
 
857 aa  786    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  84.75 
 
 
833 aa  1427    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  59.46 
 
 
812 aa  952    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  52.59 
 
 
755 aa  774    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  47.05 
 
 
871 aa  714    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  85.34 
 
 
826 aa  1420    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  57.99 
 
 
826 aa  851    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  79.22 
 
 
808 aa  1256    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  46.67 
 
 
733 aa  648    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  48.99 
 
 
886 aa  686    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  83.66 
 
 
808 aa  1341    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  52.03 
 
 
877 aa  782    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  46.01 
 
 
838 aa  637    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  49.86 
 
 
817 aa  697    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  45.5 
 
 
771 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  45.15 
 
 
836 aa  640    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  48.99 
 
 
812 aa  686    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  50.69 
 
 
726 aa  734    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  50.55 
 
 
726 aa  733    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  48.78 
 
 
877 aa  805    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  50.83 
 
 
1055 aa  744    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  50.88 
 
 
805 aa  748    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  49.93 
 
 
870 aa  722    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  49.8 
 
 
758 aa  762    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  52.77 
 
 
857 aa  787    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  56.94 
 
 
833 aa  959    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  48.99 
 
 
896 aa  687    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  51.73 
 
 
722 aa  771    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  48.19 
 
 
876 aa  788    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  50.6 
 
 
828 aa  816    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  52.64 
 
 
859 aa  790    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  48.09 
 
 
828 aa  701    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  100 
 
 
824 aa  1694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  48.99 
 
 
838 aa  687    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  60 
 
 
813 aa  934    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  60.27 
 
 
813 aa  940    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  52.58 
 
 
818 aa  794    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  47.59 
 
 
817 aa  706    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  60.27 
 
 
813 aa  940    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  50 
 
 
827 aa  698    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  51.04 
 
 
735 aa  748    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  48.99 
 
 
838 aa  687    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  59.61 
 
 
812 aa  949    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  61.16 
 
 
844 aa  960    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  48.99 
 
 
895 aa  684    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  82.18 
 
 
807 aa  1326    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  50.42 
 
 
749 aa  736    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  57 
 
 
824 aa  949    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1271  ribonuclease R  45.75 
 
 
795 aa  654    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142816  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  45.38 
 
 
746 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  50.95 
 
 
937 aa  823    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  59.46 
 
 
812 aa  952    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  78.01 
 
 
807 aa  1327    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  51.59 
 
 
840 aa  753    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  46.32 
 
 
833 aa  699    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  77.79 
 
 
817 aa  1309    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  60.31 
 
 
821 aa  963    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  51.39 
 
 
801 aa  773    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  51.87 
 
 
815 aa  812    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  47.24 
 
 
864 aa  711    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  56.14 
 
 
805 aa  834    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  49.29 
 
 
876 aa  720    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  54.18 
 
 
749 aa  830    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  49.34 
 
 
818 aa  701    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  58.42 
 
 
828 aa  940    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  45.9 
 
 
880 aa  710    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  47.21 
 
 
842 aa  701    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  50 
 
 
827 aa  698    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  48.99 
 
 
896 aa  687    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  52.98 
 
 
810 aa  853    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  49.52 
 
 
746 aa  702    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  52.64 
 
 
857 aa  785    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0682  ribonuclease R  45.52 
 
 
794 aa  650    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.43674 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  60.27 
 
 
813 aa  940    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  60.27 
 
 
813 aa  940    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  56.23 
 
 
804 aa  919    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  77.89 
 
 
807 aa  1325    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  79.73 
 
 
808 aa  1367    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  79.49 
 
 
808 aa  1364    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  48.21 
 
 
758 aa  692    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  76.99 
 
 
829 aa  1321    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  61.16 
 
 
844 aa  960    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  48.99 
 
 
838 aa  687    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  49.86 
 
 
817 aa  697    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  51.61 
 
 
907 aa  824    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  60.46 
 
 
830 aa  936    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  60.41 
 
 
813 aa  942    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  51.36 
 
 
906 aa  819    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  50.42 
 
 
736 aa  737    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  83.89 
 
 
819 aa  1397    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  61.16 
 
 
844 aa  960    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  50 
 
 
827 aa  698    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  80.07 
 
 
809 aa  1370    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  54.6 
 
 
834 aa  911    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  46.21 
 
 
833 aa  704    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  78.47 
 
 
807 aa  1330    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>