More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0372 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0372  ribonuclease R  100 
 
 		 641 aa  1301    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0734  RNB-like protein  56.74 
 
 		 644 aa  691    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0659  RNB-like protein  57.05 
 
 		 644 aa  694    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.635937  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0949  ribonuclease R  56.51 
 
 		 646 aa  699    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1583  ribonuclease R  65.2 
 
 		 641 aa  822    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1368  RNB-like protein  57.37 
 
 		 644 aa  694    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.346055  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2000  hypothetical protein  63.81 
 
 		 639 aa  796    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1129  ribonuclease R  61.99 
 
 		 642 aa  799    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0865  Exoribonuclease II  49.23 
 
 		 648 aa  589  1e-167  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0543  exoribonuclease II  42.72 
 
 		 649 aa  477  1e-133  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  29.82 
 
 		 813 aa  240  6.999999999999999e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  29.82 
 
 		 813 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  29.82 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  29.82 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  29.82 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  29.82 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  29.82 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  29.82 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.82 
 
 		 813 aa  238  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  30.59 
 
 		 795 aa  234  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  28.74 
 
 		 906 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  28.76 
 
 		 861 aa  234  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  29.52 
 
 		 736 aa  233  7.000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  29.52 
 
 		 749 aa  233  9e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  29.37 
 
 		 812 aa  233  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  29.21 
 
 		 812 aa  232  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  31.63 
 
 		 870 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  29.4 
 
 		 794 aa  231  4e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  28.57 
 
 		 907 aa  230  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  31.24 
 
 		 709 aa  230  6e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  29.21 
 
 		 812 aa  230  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  29.21 
 
 		 812 aa  230  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  29.21 
 
 		 812 aa  230  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  30.55 
 
 		 709 aa  229  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  29.9 
 
 		 763 aa  229  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  31.06 
 
 		 876 aa  229  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  31.06 
 
 		 848 aa  227  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  31.03 
 
 		 818 aa  227  6e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  30.91 
 
 		 1055 aa  227  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  31.25 
 
 		 864 aa  226  7e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  28.69 
 
 		 810 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  31.69 
 
 		 865 aa  224  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  28.22 
 
 		 877 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  31.81 
 
 		 840 aa  224  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  28.89 
 
 		 805 aa  225  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  29.32 
 
 		 859 aa  224  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  30.34 
 
 		 805 aa  223  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  29.31 
 
 		 858 aa  223  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  32.94 
 
 		 795 aa  223  9.999999999999999e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  30.14 
 
 		 871 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  27.89 
 
 		 876 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  30.46 
 
 		 817 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  30 
 
 		 833 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  29.32 
 
 		 857 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  28.79 
 
 		 824 aa  221  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.78 
 
 		 759 aa  221  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  29.8 
 
 		 857 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  34.23 
 
 		 749 aa  221  3.9999999999999997e-56  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  27.8 
 
 		 828 aa  221  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  28.98 
 
 		 857 aa  220  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.75 
 
 		 877 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  29.16 
 
 		 762 aa  219  8.999999999999998e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  30.94 
 
 		 746 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  35.7 
 
 		 733 aa  219  8.999999999999998e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  31.39 
 
 		 821 aa  219  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  34.02 
 
 		 937 aa  219  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  29.15 
 
 		 857 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  29.82 
 
 		 763 aa  219  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  29.02 
 
 		 770 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  29.51 
 
 		 826 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  28.53 
 
 		 808 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  30.1 
 
 		 826 aa  218  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  29.98 
 
 		 758 aa  218  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2438  ribonuclease R  35.09 
 
 		 719 aa  218  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  31.24 
 
 		 834 aa  217  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  28.39 
 
 		 808 aa  217  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  31.25 
 
 		 788 aa  217  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  31.06 
 
 		 722 aa  217  5.9999999999999996e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0711  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.12 
 
 		 619 aa  217  5.9999999999999996e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  29.56 
 
 		 791 aa  217  5.9999999999999996e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  29.39 
 
 		 819 aa  217  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  28.22 
 
 		 807 aa  217  7e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  30.13 
 
 		 844 aa  216  8e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  30.13 
 
 		 844 aa  216  8e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  30.13 
 
 		 844 aa  216  8e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  30.96 
 
 		 834 aa  216  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  33.41 
 
 		 722 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  30.24 
 
 		 701 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  31.01 
 
 		 830 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  31.21 
 
 		 833 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  28.08 
 
 		 807 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  31.21 
 
 		 833 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  31.92 
 
 		 838 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  28.08 
 
 		 807 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  28.08 
 
 		 807 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  29.67 
 
 		 819 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  31.03 
 
 		 827 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  31.03 
 
 		 828 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  29.65 
 
 		 896 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  30.78 
 
 		 796 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>