More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0949 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009802  CCC13826_2000  hypothetical protein  64.31 
 
 		 639 aa  799    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0949  ribonuclease R  100 
 
 		 646 aa  1310    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1583  ribonuclease R  64.12 
 
 		 641 aa  788    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0734  RNB-like protein  72.78 
 
 		 644 aa  921    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1368  RNB-like protein  72.01 
 
 		 644 aa  914    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.346055  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0372  ribonuclease R  56.51 
 
 		 641 aa  699    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0865  Exoribonuclease II  49.84 
 
 		 648 aa  637    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0659  RNB-like protein  72.78 
 
 		 644 aa  919    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.635937  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1129  ribonuclease R  59.25 
 
 		 642 aa  754    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0543  exoribonuclease II  43.81 
 
 		 649 aa  504  1e-141  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  31.44 
 
 		 709 aa  257  5e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  28.1 
 
 		 828 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  28.16 
 
 		 861 aa  247  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  31.82 
 
 		 726 aa  242  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  30.77 
 
 		 836 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  31.2 
 
 		 726 aa  240  5e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.2 
 
 		 1182 aa  240  5e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  28.5 
 
 		 907 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  28.92 
 
 		 714 aa  240  6.999999999999999e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  31.4 
 
 		 863 aa  240  6.999999999999999e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  29.71 
 
 		 736 aa  239  8e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  29.71 
 
 		 749 aa  239  9e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  31.08 
 
 		 865 aa  239  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  28.01 
 
 		 906 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  27.68 
 
 		 857 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  27.07 
 
 		 876 aa  238  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  28.28 
 
 		 748 aa  238  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  27.68 
 
 		 859 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.4 
 
 		 838 aa  237  4e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  27.52 
 
 		 857 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  29.85 
 
 		 937 aa  237  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  27.77 
 
 		 819 aa  236  7e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  27.35 
 
 		 857 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  29.8 
 
 		 805 aa  234  4.0000000000000004e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  26.22 
 
 		 758 aa  234  5e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  26.69 
 
 		 877 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.92 
 
 		 877 aa  233  9e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  28.86 
 
 		 810 aa  232  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  30.98 
 
 		 804 aa  232  2e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  30.92 
 
 		 833 aa  231  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  28.82 
 
 		 819 aa  231  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.62 
 
 		 813 aa  231  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  28.62 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  28.62 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  28.62 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  28.35 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  28.62 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  28.62 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  28.09 
 
 		 842 aa  230  7e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  28.62 
 
 		 813 aa  230  7e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  28.5 
 
 		 813 aa  229  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  30.28 
 
 		 764 aa  229  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  30.28 
 
 		 764 aa  229  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  30.62 
 
 		 695 aa  228  3e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  34.85 
 
 		 694 aa  228  4e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  32.59 
 
 		 834 aa  227  5.0000000000000005e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  28.52 
 
 		 818 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  33.33 
 
 		 788 aa  227  6e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  35.35 
 
 		 705 aa  227  6e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  31.04 
 
 		 834 aa  226  7e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  33.27 
 
 		 757 aa  226  7e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  27.33 
 
 		 812 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  27.83 
 
 		 758 aa  226  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  31.29 
 
 		 826 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  32.66 
 
 		 710 aa  225  2e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  28.35 
 
 		 818 aa  225  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  28.17 
 
 		 805 aa  225  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  26.56 
 
 		 840 aa  225  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  32.43 
 
 		 770 aa  225  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  31.03 
 
 		 751 aa  225  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  28.03 
 
 		 828 aa  225  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1983  exoribonuclease II  32.85 
 
 		 744 aa  224  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0944364 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  32.2 
 
 		 771 aa  224  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  30.14 
 
 		 818 aa  225  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  29.09 
 
 		 770 aa  225  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  32.87 
 
 		 819 aa  224  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  30.17 
 
 		 749 aa  224  3e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  32.66 
 
 		 710 aa  224  3e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  27.33 
 
 		 812 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  27.83 
 
 		 817 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  27.33 
 
 		 812 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  27.33 
 
 		 812 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  27.33 
 
 		 812 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  30.27 
 
 		 733 aa  223  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  34.82 
 
 		 791 aa  223  6e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  31.06 
 
 		 701 aa  223  9e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  32.64 
 
 		 722 aa  223  9e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0711  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.95 
 
 		 619 aa  223  9.999999999999999e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  28.64 
 
 		 1055 aa  223  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  29.69 
 
 		 715 aa  223  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  26.97 
 
 		 824 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  31.26 
 
 		 821 aa  222  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.02 
 
 		 829 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  32.33 
 
 		 745 aa  221  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  30.64 
 
 		 807 aa  221  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  30.79 
 
 		 807 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  28.02 
 
 		 824 aa  221  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  30.79 
 
 		 807 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  30.79 
 
 		 807 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  33.33 
 
 		 842 aa  221  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>