More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCC13826_2000 on replicon NC_009802
Organism: Campylobacter concisus 13826



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003912  CJE0734  RNB-like protein  65.52 
 
 		 644 aa  818    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1368  RNB-like protein  65.67 
 
 		 644 aa  818    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.346055  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0865  Exoribonuclease II  52.78 
 
 		 648 aa  656    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0659  RNB-like protein  65.67 
 
 		 644 aa  817    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.635937  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0372  ribonuclease R  63.81 
 
 		 641 aa  825    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1583  ribonuclease R  83.54 
 
 		 641 aa  1088    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0949  ribonuclease R  64.31 
 
 		 646 aa  832    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2000  hypothetical protein  100 
 
 		 639 aa  1295    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1129  ribonuclease R  64.95 
 
 		 642 aa  843    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0543  exoribonuclease II  44.67 
 
 		 649 aa  513  1e-144  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  29.53 
 
 		 758 aa  269  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  31.37 
 
 		 937 aa  254  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  30.85 
 
 		 736 aa  254  4.0000000000000004e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  30.85 
 
 		 749 aa  253  5.000000000000001e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  31.6 
 
 		 864 aa  253  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  32.21 
 
 		 848 aa  253  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  31.89 
 
 		 791 aa  252  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  30.7 
 
 		 907 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  30.43 
 
 		 906 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  28.64 
 
 		 805 aa  250  5e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  32.08 
 
 		 871 aa  250  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  30.98 
 
 		 834 aa  250  7e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  28.69 
 
 		 840 aa  249  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  31.6 
 
 		 870 aa  249  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  29.64 
 
 		 861 aa  248  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  31.61 
 
 		 876 aa  247  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  30.64 
 
 		 810 aa  248  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  31.29 
 
 		 1055 aa  247  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  31.86 
 
 		 828 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  31.23 
 
 		 748 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  31.99 
 
 		 805 aa  247  6e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  30.14 
 
 		 830 aa  246  6e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  36.88 
 
 		 865 aa  246  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  31.49 
 
 		 827 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  31.49 
 
 		 827 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  31.49 
 
 		 827 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  31.33 
 
 		 733 aa  245  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  31.86 
 
 		 709 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  32.5 
 
 		 877 aa  244  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  31.46 
 
 		 895 aa  244  5e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  29.98 
 
 		 828 aa  243  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.11 
 
 		 735 aa  243  7.999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  31.27 
 
 		 886 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  31.27 
 
 		 812 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  31.27 
 
 		 896 aa  243  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  31.27 
 
 		 896 aa  243  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  31.27 
 
 		 838 aa  243  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  31.27 
 
 		 838 aa  243  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  32.23 
 
 		 818 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  30.32 
 
 		 808 aa  243  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  31.27 
 
 		 838 aa  243  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  30.94 
 
 		 817 aa  242  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  30.16 
 
 		 808 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  30.94 
 
 		 817 aa  242  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  31.54 
 
 		 857 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  30.15 
 
 		 821 aa  241  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  30.65 
 
 		 826 aa  241  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  37.13 
 
 		 770 aa  241  4e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  29.64 
 
 		 833 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  30.32 
 
 		 819 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  30.16 
 
 		 808 aa  239  8e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  31.8 
 
 		 833 aa  239  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  30.37 
 
 		 876 aa  239  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  31.61 
 
 		 833 aa  239  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  31.35 
 
 		 857 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  37.03 
 
 		 770 aa  239  1e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  30.35 
 
 		 842 aa  238  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  29.84 
 
 		 807 aa  238  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  31.48 
 
 		 877 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  31.35 
 
 		 857 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  30.83 
 
 		 859 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  33.48 
 
 		 794 aa  237  4e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  34.43 
 
 		 796 aa  237  4e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  28.91 
 
 		 807 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  29.6 
 
 		 758 aa  237  5.0000000000000005e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  28.91 
 
 		 807 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  32.18 
 
 		 770 aa  237  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  28.91 
 
 		 807 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  30 
 
 		 809 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  28.82 
 
 		 817 aa  237  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  36.25 
 
 		 746 aa  236  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  31.9 
 
 		 771 aa  236  8e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  34.58 
 
 		 764 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.03 
 
 		 813 aa  236  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  30.28 
 
 		 826 aa  236  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1271  ribonuclease R  32.22 
 
 		 795 aa  236  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142816  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  28.38 
 
 		 804 aa  236  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  34.58 
 
 		 764 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  30.93 
 
 		 791 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  34.15 
 
 		 795 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  28.92 
 
 		 829 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 813 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2438  ribonuclease R  34.89 
 
 		 719 aa  234  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>