More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0543 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0543  exoribonuclease II  100 
 
 		 649 aa  1330    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1129  ribonuclease R  45.6 
 
 		 642 aa  521  1e-146  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0659  RNB-like protein  45.16 
 
 		 644 aa  511  1e-143  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.635937  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1583  ribonuclease R  45.08 
 
 		 641 aa  511  1e-143  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0734  RNB-like protein  44.85 
 
 		 644 aa  508  9.999999999999999e-143  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1368  RNB-like protein  44.7 
 
 		 644 aa  505  9.999999999999999e-143  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.346055  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0949  ribonuclease R  43.81 
 
 		 646 aa  504  1e-141  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2000  hypothetical protein  44.67 
 
 		 639 aa  494  9.999999999999999e-139  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0865  Exoribonuclease II  42.39 
 
 		 648 aa  493  9.999999999999999e-139  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0372  ribonuclease R  42.72 
 
 		 641 aa  477  1e-133  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  34.42 
 
 		 833 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.73 
 
 		 833 aa  253  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.29 
 
 		 828 aa  252  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  34.09 
 
 		 817 aa  253  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  34.09 
 
 		 817 aa  252  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  32.06 
 
 		 746 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  32.06 
 
 		 746 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  34.09 
 
 		 827 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  34.09 
 
 		 827 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  34.09 
 
 		 827 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  32.64 
 
 		 818 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  31.21 
 
 		 840 aa  247  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  31.69 
 
 		 807 aa  247  6e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  31.83 
 
 		 805 aa  246  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  32.13 
 
 		 819 aa  246  6.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  32.9 
 
 		 870 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  32.14 
 
 		 876 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  31.22 
 
 		 907 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  30.8 
 
 		 906 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  31.91 
 
 		 895 aa  244  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  33.61 
 
 		 817 aa  243  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  32.04 
 
 		 808 aa  242  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  31.34 
 
 		 807 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  31.16 
 
 		 807 aa  242  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  31.16 
 
 		 807 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  33.33 
 
 		 733 aa  242  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  31.28 
 
 		 812 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  30.27 
 
 		 726 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  31.16 
 
 		 807 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  31.91 
 
 		 886 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  31.73 
 
 		 896 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  31.91 
 
 		 838 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  31.73 
 
 		 896 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  31.91 
 
 		 838 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  31.91 
 
 		 838 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  30.11 
 
 		 726 aa  241  4e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  32.96 
 
 		 808 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  33.15 
 
 		 809 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.15 
 
 		 735 aa  240  6.999999999999999e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  32.96 
 
 		 808 aa  240  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  31.17 
 
 		 758 aa  239  8e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  30.67 
 
 		 824 aa  239  9e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  32.4 
 
 		 836 aa  239  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  30.08 
 
 		 770 aa  238  2e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  32.65 
 
 		 871 aa  238  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  32.35 
 
 		 838 aa  238  3e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  30.33 
 
 		 758 aa  238  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  31.75 
 
 		 818 aa  237  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  31.52 
 
 		 819 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  32.45 
 
 		 817 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  31.55 
 
 		 818 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  31.6 
 
 		 755 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  29.8 
 
 		 828 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  31.06 
 
 		 795 aa  234  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  31.21 
 
 		 1055 aa  234  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  31.67 
 
 		 829 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  33.67 
 
 		 748 aa  233  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  33.06 
 
 		 848 aa  233  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  30.32 
 
 		 722 aa  233  8.000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  32.11 
 
 		 813 aa  233  9e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  30.91 
 
 		 842 aa  232  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  36.51 
 
 		 1182 aa  232  1e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  31.79 
 
 		 813 aa  232  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  31.62 
 
 		 752 aa  232  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  29.5 
 
 		 818 aa  232  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  31.95 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  31.95 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  31.95 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  31.95 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  31.95 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  31.95 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  37.2 
 
 		 821 aa  231  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  32.91 
 
 		 812 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  30.78 
 
 		 714 aa  231  4e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  33.27 
 
 		 813 aa  231  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  33.6 
 
 		 749 aa  230  5e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  32.85 
 
 		 864 aa  230  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  32.36 
 
 		 720 aa  229  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  33.62 
 
 		 764 aa  229  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  33.62 
 
 		 764 aa  229  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  31.04 
 
 		 826 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  32.91 
 
 		 812 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  29.41 
 
 		 771 aa  228  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  32.91 
 
 		 812 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  30.7 
 
 		 858 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  33.03 
 
 		 812 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  32.91 
 
 		 812 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  31.24 
 
 		 910 aa  228  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  29.49 
 
 		 819 aa  228  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  33.96 
 
 		 830 aa  228  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>