More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0865 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009707  JJD26997_1368  RNB-like protein  52.94 
 
 		 644 aa  637    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.346055  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0734  RNB-like protein  53.41 
 
 		 644 aa  640    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0949  ribonuclease R  49.84 
 
 		 646 aa  637    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0865  Exoribonuclease II  100 
 
 		 648 aa  1325    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0659  RNB-like protein  53.1 
 
 		 644 aa  640    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.635937  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1129  ribonuclease R  52.47 
 
 		 642 aa  670    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1583  ribonuclease R  51.93 
 
 		 641 aa  628  1e-179  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2000  hypothetical protein  52.78 
 
 		 639 aa  629  1e-179  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0372  ribonuclease R  49.23 
 
 		 641 aa  589  1e-167  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0543  exoribonuclease II  42.39 
 
 		 649 aa  493  9.999999999999999e-139  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  30.72 
 
 		 758 aa  252  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  35.65 
 
 		 817 aa  250  5e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  31.7 
 
 		 709 aa  246  9.999999999999999e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  34.75 
 
 		 833 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  35.2 
 
 		 829 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  33.09 
 
 		 826 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  31.41 
 
 		 819 aa  244  5e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  32.71 
 
 		 808 aa  243  9e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  31.23 
 
 		 805 aa  243  9e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  32.76 
 
 		 751 aa  242  1e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  32.51 
 
 		 695 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  32.53 
 
 		 808 aa  240  5e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.3 
 
 		 808 aa  239  8e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  33.83 
 
 		 865 aa  239  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  33.92 
 
 		 810 aa  239  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.98 
 
 		 809 aa  239  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  33.07 
 
 		 804 aa  238  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  31.53 
 
 		 807 aa  238  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  30.8 
 
 		 861 aa  238  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  33.48 
 
 		 824 aa  237  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  33.63 
 
 		 807 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  33.63 
 
 		 807 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  33.63 
 
 		 807 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  30.76 
 
 		 805 aa  234  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  29.81 
 
 		 834 aa  234  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  31.06 
 
 		 791 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  33.26 
 
 		 937 aa  234  5e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  31.4 
 
 		 819 aa  233  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  33.41 
 
 		 807 aa  233  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  30.86 
 
 		 813 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.69 
 
 		 813 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  32 
 
 		 1055 aa  232  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  30.09 
 
 		 818 aa  232  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  30.81 
 
 		 763 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  30.86 
 
 		 813 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  32.29 
 
 		 826 aa  231  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  30.86 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  30.86 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  31.05 
 
 		 722 aa  231  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.69 
 
 		 735 aa  231  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  30.86 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  30.86 
 
 		 813 aa  231  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  30.74 
 
 		 907 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  35.07 
 
 		 766 aa  230  5e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  32.31 
 
 		 722 aa  230  5e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  33.41 
 
 		 842 aa  231  5e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  31.86 
 
 		 796 aa  230  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2438  ribonuclease R  34.25 
 
 		 719 aa  230  7e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  30.49 
 
 		 813 aa  229  8e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  30.74 
 
 		 906 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  30.61 
 
 		 795 aa  229  9e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  30.78 
 
 		 828 aa  229  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  29.73 
 
 		 758 aa  229  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  30.69 
 
 		 813 aa  229  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  31.87 
 
 		 746 aa  229  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  30.28 
 
 		 808 aa  229  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  29.39 
 
 		 830 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  30.22 
 
 		 714 aa  228  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  30.34 
 
 		 857 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  30.8 
 
 		 877 aa  228  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  29.79 
 
 		 840 aa  227  4e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  29.85 
 
 		 859 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  32.81 
 
 		 821 aa  226  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  30.56 
 
 		 833 aa  226  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  36.8 
 
 		 836 aa  226  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  34.73 
 
 		 749 aa  226  1e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  29.7 
 
 		 812 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  30.34 
 
 		 877 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  30.97 
 
 		 818 aa  225  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  30 
 
 		 752 aa  225  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  30.32 
 
 		 818 aa  225  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  33.63 
 
 		 842 aa  224  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  29.98 
 
 		 857 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  29.93 
 
 		 812 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  31.06 
 
 		 759 aa  224  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  36.08 
 
 		 838 aa  224  3e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  29.93 
 
 		 812 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  29.93 
 
 		 812 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  29.93 
 
 		 812 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  30.63 
 
 		 749 aa  224  4.9999999999999996e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  29.29 
 
 		 838 aa  224  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  29.29 
 
 		 838 aa  224  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  30.63 
 
 		 736 aa  223  6e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  29.29 
 
 		 838 aa  224  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  29.29 
 
 		 812 aa  223  7e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  29.29 
 
 		 886 aa  223  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  29.29 
 
 		 896 aa  223  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  29.29 
 
 		 896 aa  223  7e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  29.29 
 
 		 895 aa  223  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 824 aa  223  8e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>