More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2136 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  100 
 
 		 714 aa  1462    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2598  ribonuclease R  56.64 
 
 		 869 aa  797    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000938061  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  56.6 
 
 		 886 aa  796    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  47.66 
 
 		 701 aa  655    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0925  ribonuclease R  56.04 
 
 		 1037 aa  786    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0737  ribonuclease R  43.97 
 
 		 852 aa  536  1e-151  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.428134  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  40.63 
 
 		 759 aa  482  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  41.06 
 
 		 763 aa  478  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  41.42 
 
 		 720 aa  465  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  38.98 
 
 		 763 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  40.53 
 
 		 737 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  40.11 
 
 		 737 aa  458  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.48 
 
 		 805 aa  456  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  40.35 
 
 		 752 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  38.57 
 
 		 857 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  38.83 
 
 		 777 aa  452  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  38.37 
 
 		 1055 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  38.16 
 
 		 857 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  38.26 
 
 		 859 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  38.16 
 
 		 857 aa  446  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  38.32 
 
 		 861 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  37.45 
 
 		 876 aa  445  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  37.23 
 
 		 828 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  37.07 
 
 		 840 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  38.27 
 
 		 819 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  38.05 
 
 		 722 aa  434  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.84 
 
 		 735 aa  432  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  37.74 
 
 		 907 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  37.04 
 
 		 749 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  36.48 
 
 		 877 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  38.07 
 
 		 758 aa  430  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  37.77 
 
 		 824 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  37.01 
 
 		 807 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  38.02 
 
 		 746 aa  432  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  37.01 
 
 		 807 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  37.04 
 
 		 736 aa  432  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  37.36 
 
 		 826 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  37.36 
 
 		 833 aa  431  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  37.07 
 
 		 810 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  37.24 
 
 		 807 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  38.02 
 
 		 746 aa  432  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  37.38 
 
 		 808 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  37.38 
 
 		 808 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  37.01 
 
 		 807 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  37.69 
 
 		 906 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  36.39 
 
 		 877 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  37.52 
 
 		 803 aa  426  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  36.63 
 
 		 726 aa  427  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  36.84 
 
 		 726 aa  428  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  37.82 
 
 		 706 aa  427  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  37.47 
 
 		 809 aa  428  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  37.01 
 
 		 807 aa  429  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  39.32 
 
 		 842 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  37.19 
 
 		 808 aa  425  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  36.55 
 
 		 716 aa  423  1e-117  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  37.41 
 
 		 817 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.76 
 
 		 801 aa  423  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  37.57 
 
 		 842 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  38.1 
 
 		 829 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  37.39 
 
 		 819 aa  421  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  37.54 
 
 		 808 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  36.51 
 
 		 755 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  37.01 
 
 		 834 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.2 
 
 		 812 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.59 
 
 		 818 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.77 
 
 		 937 aa  416  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  36.01 
 
 		 817 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.41 
 
 		 833 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  36.92 
 
 		 819 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.16 
 
 		 706 aa  416  9.999999999999999e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.89 
 
 		 804 aa  417  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  36.01 
 
 		 817 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  35.14 
 
 		 833 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  37.23 
 
 		 826 aa  415  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  36.87 
 
 		 815 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.06 
 
 		 812 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.06 
 
 		 812 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.06 
 
 		 870 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  35.99 
 
 		 834 aa  413  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.06 
 
 		 812 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.06 
 
 		 812 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  35.33 
 
 		 817 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.83 
 
 		 813 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.19 
 
 		 827 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.05 
 
 		 871 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  35.97 
 
 		 844 aa  410  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  35.33 
 
 		 810 aa  410  1e-113  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.83 
 
 		 813 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  35.33 
 
 		 808 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  35.33 
 
 		 806 aa  409  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.83 
 
 		 813 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.83 
 
 		 813 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  35.97 
 
 		 844 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  35.83 
 
 		 813 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  35.33 
 
 		 808 aa  409  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  35.33 
 
 		 806 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  35.97 
 
 		 844 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.83 
 
 		 813 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.19 
 
 		 827 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  35.09 
 
 		 814 aa  410  1e-113  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>