More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0737 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0737  ribonuclease R  100 
 
 		 852 aa  1711    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.428134  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  50.2 
 
 		 886 aa  667    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0925  ribonuclease R  48.46 
 
 		 1037 aa  690    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2598  ribonuclease R  49.21 
 
 		 869 aa  633  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000938061  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  43.62 
 
 		 714 aa  545  1e-153  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  43.25 
 
 		 701 aa  517  1.0000000000000001e-145  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  39.81 
 
 		 752 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  38.74 
 
 		 759 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  38.56 
 
 		 763 aa  435  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  37.89 
 
 		 777 aa  420  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  35.68 
 
 		 763 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  36.86 
 
 		 840 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.44 
 
 		 805 aa  412  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  38.59 
 
 		 842 aa  412  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  36.2 
 
 		 828 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  37.79 
 
 		 1055 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  36.44 
 
 		 726 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  36.57 
 
 		 726 aa  405  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  37.12 
 
 		 736 aa  403  1e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  36.94 
 
 		 746 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  36.94 
 
 		 746 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  37.52 
 
 		 720 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  35.98 
 
 		 857 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  35.89 
 
 		 859 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  36.98 
 
 		 749 aa  401  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  35.67 
 
 		 857 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.09 
 
 		 877 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.12 
 
 		 870 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  38.08 
 
 		 722 aa  396  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  35.71 
 
 		 876 aa  399  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  36.02 
 
 		 818 aa  399  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  38.73 
 
 		 863 aa  397  1e-109  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  34.93 
 
 		 801 aa  396  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  35.79 
 
 		 857 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.22 
 
 		 804 aa  397  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  35.86 
 
 		 896 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  35.86 
 
 		 812 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  35.86 
 
 		 896 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  35.86 
 
 		 838 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  35.86 
 
 		 886 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  35.86 
 
 		 838 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  35.86 
 
 		 838 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  38.59 
 
 		 706 aa  393  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  35.52 
 
 		 833 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.77 
 
 		 828 aa  392  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.73 
 
 		 827 aa  393  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  35.73 
 
 		 895 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  37.38 
 
 		 737 aa  392  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  35.23 
 
 		 876 aa  392  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  39.97 
 
 		 910 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  35.73 
 
 		 827 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  37.52 
 
 		 737 aa  392  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.73 
 
 		 827 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  33.59 
 
 		 806 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  36.5 
 
 		 764 aa  387  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.25 
 
 		 871 aa  389  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  33.72 
 
 		 806 aa  389  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  36.6 
 
 		 771 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  34.34 
 
 		 877 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  33.85 
 
 		 808 aa  388  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  33.85 
 
 		 804 aa  388  1e-106  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  33.85 
 
 		 806 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  33.59 
 
 		 810 aa  387  1e-106  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  33.5 
 
 		 812 aa  389  1e-106  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  33.85 
 
 		 808 aa  388  1e-106  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  32.75 
 
 		 814 aa  388  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.29 
 
 		 833 aa  388  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  36.63 
 
 		 764 aa  389  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.04 
 
 		 758 aa  389  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  35.34 
 
 		 817 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  33.72 
 
 		 808 aa  387  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  35.34 
 
 		 817 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  34.28 
 
 		 864 aa  389  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  35.21 
 
 		 817 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  36.86 
 
 		 844 aa  385  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  35.63 
 
 		 821 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  35.41 
 
 		 818 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  41.05 
 
 		 857 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  36.86 
 
 		 844 aa  385  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  35.12 
 
 		 810 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  36.86 
 
 		 906 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  36.86 
 
 		 844 aa  385  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  35.53 
 
 		 830 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  34.66 
 
 		 762 aa  386  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  37.72 
 
 		 755 aa  382  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  35.09 
 
 		 937 aa  380  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  34.03 
 
 		 848 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1425  ribonuclease R  36.93 
 
 		 752 aa  382  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  35.39 
 
 		 834 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  37.03 
 
 		 758 aa  380  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  34.53 
 
 		 880 aa  382  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  34.4 
 
 		 833 aa  381  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  36.11 
 
 		 865 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.9 
 
 		 735 aa  378  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  41.42 
 
 		 858 aa  379  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  35.75 
 
 		 828 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  35.52 
 
 		 812 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.7 
 
 		 819 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  35.52 
 
 		 812 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  34.89 
 
 		 907 aa  379  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>