More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0774 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  57.49 
 
 		 714 aa  796    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2598  ribonuclease R  66.08 
 
 		 869 aa  976    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000938061  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  100 
 
 		 886 aa  1779    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  46.75 
 
 		 701 aa  641    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0737  ribonuclease R  48.67 
 
 		 852 aa  667    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.428134  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0925  ribonuclease R  70.86 
 
 		 1037 aa  1046    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  41.51 
 
 		 759 aa  491  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  42.17 
 
 		 763 aa  486  1e-136  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  41.35 
 
 		 752 aa  479  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  41.01 
 
 		 720 aa  464  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  38.04 
 
 		 763 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  41.01 
 
 		 777 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  39.38 
 
 		 805 aa  442  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  38.9 
 
 		 737 aa  435  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  37.46 
 
 		 1055 aa  432  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.69 
 
 		 840 aa  431  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  35.18 
 
 		 801 aa  431  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  38.68 
 
 		 737 aa  429  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  36.9 
 
 		 907 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  37.18 
 
 		 755 aa  423  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  38.17 
 
 		 706 aa  424  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  36.07 
 
 		 817 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  36.78 
 
 		 906 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.78 
 
 		 826 aa  421  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  36.24 
 
 		 806 aa  421  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  36.73 
 
 		 807 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  35.94 
 
 		 833 aa  422  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  36.61 
 
 		 807 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  36.27 
 
 		 808 aa  422  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  36.27 
 
 		 808 aa  422  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  36.73 
 
 		 807 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  35.41 
 
 		 824 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  36 
 
 		 808 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  36.15 
 
 		 808 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  36.15 
 
 		 804 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  35.98 
 
 		 810 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  34.18 
 
 		 762 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  35.98 
 
 		 806 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  35.59 
 
 		 812 aa  419  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.11 
 
 		 818 aa  418  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  36.15 
 
 		 808 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  36.09 
 
 		 758 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  36.41 
 
 		 828 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  36.11 
 
 		 806 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  36.5 
 
 		 807 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  35.85 
 
 		 808 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  36.39 
 
 		 821 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  36.6 
 
 		 807 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.84 
 
 		 809 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  35.41 
 
 		 814 aa  414  1e-114  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  35.29 
 
 		 871 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  36.74 
 
 		 819 aa  414  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  36.64 
 
 		 746 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  37.12 
 
 		 722 aa  414  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.81 
 
 		 735 aa  416  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  36.64 
 
 		 746 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.95 
 
 		 864 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  33.78 
 
 		 937 aa  413  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  37.6 
 
 		 842 aa  413  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  36.53 
 
 		 810 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  37.34 
 
 		 803 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  35.98 
 
 		 829 aa  413  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.54 
 
 		 870 aa  412  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.67 
 
 		 758 aa  412  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  35.2 
 
 		 828 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  36.09 
 
 		 819 aa  412  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  36.07 
 
 		 706 aa  412  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  35.83 
 
 		 857 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  35.29 
 
 		 828 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  34.87 
 
 		 834 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  36.38 
 
 		 848 aa  411  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  35.79 
 
 		 857 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  35.51 
 
 		 716 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.32 
 
 		 827 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  33.51 
 
 		 876 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  36.32 
 
 		 808 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  35.79 
 
 		 857 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  35.35 
 
 		 827 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  35.32 
 
 		 792 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.1 
 
 		 859 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.35 
 
 		 827 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.13 
 
 		 813 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  37.96 
 
 		 844 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  36.13 
 
 		 830 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.62 
 
 		 877 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  37.96 
 
 		 844 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37 
 
 		 813 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  36.2 
 
 		 861 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.13 
 
 		 813 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.87 
 
 		 876 aa  405  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  37.96 
 
 		 844 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  34.47 
 
 		 751 aa  405  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  34.6 
 
 		 833 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  36.3 
 
 		 758 aa  405  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  35.32 
 
 		 817 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.13 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.57 
 
 		 812 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  37.13 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.13 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.13 
 
 		 813 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>