More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3416 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  61.32 
 
 		 781 aa  892    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  49.26 
 
 		 681 aa  659    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  52.86 
 
 		 750 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  51.19 
 
 		 777 aa  644    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  57.76 
 
 		 783 aa  815    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  57.35 
 
 		 787 aa  793    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  57.07 
 
 		 789 aa  802    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  59.73 
 
 		 782 aa  855    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  51.51 
 
 		 752 aa  677    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  62.45 
 
 		 788 aa  871    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  62.4 
 
 		 773 aa  842    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  51.54 
 
 		 842 aa  652    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  58.93 
 
 		 792 aa  858    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  62.27 
 
 		 783 aa  894    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  49.46 
 
 		 778 aa  656    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  62.19 
 
 		 788 aa  870    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  60.56 
 
 		 790 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  60.86 
 
 		 781 aa  886    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  60.86 
 
 		 762 aa  903    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  61.2 
 
 		 790 aa  871    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  51.63 
 
 		 782 aa  734    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  52.29 
 
 		 761 aa  689    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  58.05 
 
 		 790 aa  819    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  57.59 
 
 		 792 aa  811    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  58.05 
 
 		 790 aa  819    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  59.22 
 
 		 765 aa  848    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  61.78 
 
 		 795 aa  862    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  71.28 
 
 		 787 aa  1025    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  100 
 
 		 791 aa  1571    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  51.51 
 
 		 752 aa  675    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  62.76 
 
 		 762 aa  914    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  63.21 
 
 		 776 aa  905    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  58.03 
 
 		 783 aa  816    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  51.32 
 
 		 754 aa  663    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  49.93 
 
 		 754 aa  624  1e-177  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  51.58 
 
 		 751 aa  611  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  47.59 
 
 		 745 aa  561  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  45.45 
 
 		 781 aa  545  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  43.95 
 
 		 769 aa  531  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.64 
 
 		 759 aa  503  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  43.48 
 
 		 766 aa  485  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  35.61 
 
 		 857 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  35.22 
 
 		 857 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  38.29 
 
 		 722 aa  384  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  35.09 
 
 		 857 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  37.1 
 
 		 842 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.78 
 
 		 804 aa  381  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  35.89 
 
 		 848 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  40.52 
 
 		 819 aa  377  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  40.97 
 
 		 842 aa  379  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.93 
 
 		 1055 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  35.22 
 
 		 859 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  35.53 
 
 		 871 aa  375  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.75 
 
 		 864 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.98 
 
 		 876 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  37.07 
 
 		 805 aa  368  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  37.46 
 
 		 758 aa  368  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  34.68 
 
 		 877 aa  365  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.29 
 
 		 840 aa  365  2e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.38 
 
 		 877 aa  364  4e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  38.57 
 
 		 808 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  40.03 
 
 		 838 aa  363  5.0000000000000005e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  38.57 
 
 		 809 aa  363  8e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  34.98 
 
 		 844 aa  362  1e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  39.87 
 
 		 836 aa  362  1e-98  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  34.98 
 
 		 844 aa  362  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  38 
 
 		 808 aa  362  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  34.98 
 
 		 844 aa  362  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.38 
 
 		 818 aa  361  3e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  38.23 
 
 		 808 aa  361  3e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.92 
 
 		 861 aa  360  6e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.48 
 
 		 735 aa  360  7e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  33.93 
 
 		 833 aa  360  8e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  34.21 
 
 		 834 aa  360  8e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  34.06 
 
 		 819 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  34.42 
 
 		 830 aa  359  9.999999999999999e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  41.49 
 
 		 805 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.95 
 
 		 828 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  36.45 
 
 		 829 aa  357  6.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.42 
 
 		 937 aa  356  8.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  36.95 
 
 		 720 aa  356  1e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  36.92 
 
 		 807 aa  355  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  37.46 
 
 		 803 aa  354  4e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  33.54 
 
 		 833 aa  354  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  37.46 
 
 		 746 aa  353  5e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  37.46 
 
 		 746 aa  353  5e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  33.59 
 
 		 807 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  33.77 
 
 		 828 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  33.59 
 
 		 807 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  33.59 
 
 		 807 aa  353  7e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  34.65 
 
 		 818 aa  353  7e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  33.63 
 
 		 821 aa  353  8.999999999999999e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  37.36 
 
 		 824 aa  352  1e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.6 
 
 		 870 aa  352  2e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  33.59 
 
 		 807 aa  352  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  39.44 
 
 		 758 aa  352  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  38.89 
 
 		 726 aa  351  3e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  38.28 
 
 		 726 aa  351  3e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  34.63 
 
 		 810 aa  351  4e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  37.82 
 
 		 808 aa  350  6e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>